Question

我正在尝试使用f2py在我的系统中安装一些Python模块，这些模块与海洋模型相关（在Fortran 90中）。我正面临着f2py的一些问题。具体来说，即使我安装了所需的库和包含文件，f2py也无法与NetCDF库链接。我在64位计算机上在Ubuntu16.04上使用带有Anaconda 2的Python 2.7。我正在使用gfortran。

为了测试它的工作原理，我写了一个小代码 - 一个包含一个小子程序的f90模块。子例程执行基本数学任务，并调用NetCDF例程以打印安装的NetCDF版本。模块（testsub.f90）如下：

module testsub
implicit none

contains

subroutine f_sum(a, b, s)
!#include 'netcdf.inc' 
  use netcdf
  real(8) :: a, b, s
  s = a+b;

  !Calls a function that prints the netcdf version
  write(*,*) trim(nf90_inq_libvers())
end subroutine f_sum

end module

testsub的makefile是：

#Fortran compiler
FC=gfortran

NCLIB = -L/home/sonaljit/anaconda2/lib -lnetcdf -lnetcdff -L/usr/lib/python2.7/config-x86_64-linux-gnu -lpython2.7
NCINC = -I/home/sonaljit/anaconda2/include

#f2py and flags
F2PY = /home/sonaljit/anaconda2/bin/f2py
PYFLAGS = "-fPIC -g -O2 -fdefault-real-8"

pytest : testsub.f90
        $(F2PY) --fcompiler=$(FC) --f90flags=$(PYFLAGS) -c $(NCINC) -m testpymod testsub.f90 $(NCLIB)

clean :
        rm testpymod.so

我有NetCDF库并包含在给定路径中安装的文件。当我使用make pytest运行makefile时，出现以下错误：

/usr/bin/ld: /home/sonaljit/anaconda2/lib/libnetcdf.a(netcdf.o): relocation R_X86_64_32 against `.rodata' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC
/home/sonaljit/anaconda2/lib/libnetcdf.a: error adding symbols: Bad value
collect2: error: ld returned 1 exit status

但是，当我在模块中注释掉NetCDF行时，我没有看到这个错误。似乎f2py无法链接到NetCDF例程。这里的错误是什么？是由于代码的结构？或者，我是否需要包含其他一些库？

Answer 1

您正在编译共享（动态）库，您应该使用NetCDF的共享库版本。

如果您自己安装了NetCDF（正如/home/sonaljit中的路径所示），则应安装.so版本并链接此版本。

f2py无法与NetCDF库链接 -

1 个答案: