如何制作具有NA值的热图和聚类？

Question

我正在尝试使用我的数据制作热图，但却难以正确编码 我的矩阵填充了log（x + 1）值，这样我就不会遇到log（0）错误，但是由于我的数据的性质，我有一堆0值，它们掩盖了热图的任何趋势可能会显示出来。因此我想将任何0值颜色为灰色或黑色，然后我的其余数据颜色沿着蓝白红色光谱着色。

这是我正在使用的编码，

RHeatmap <- read.delim("~/Desktop/RHeatmap.txt", row.names=1, stringsAsFactors = FALSE)

my_palette <- colorRampPalette(c("blue", "white", "red")) (n=20)
RHeatmap.matrix <- as.matrix(RHeatmap)
RHeatmap.matrix[RHeatmap.matrix==0]=NA

heatmap.2(RHeatmap.matrix,trace="none",col = my_palette, margins =  c(5,1),scale = "none", symbreaks = FALSE, Colv=TRUE, dendrogram="both",lwid=c(1.5,2.0)) 

当在线查看如何将0值分配为单独的颜色时，我注意到人们将它们指定为N.As然后可以编码为显示某种颜色。问题1：我该怎么做？

我也想知道我是如何使用N.A值进行聚类的，当我尝试收到错误时说你不能使用N.A值进行聚类。

Answer 1

要使其工作，您需要指定休息时间。注意：需要多一个休息而不是颜色。

library(gplots)

dat <- matrix(2**rnorm(900, sd = 5), ncol=9)
dat[sample(seq_along(dat), size = 180)] <- 0 ##setting some data to 0

my_palette <- colorRampPalette(c("yellow", "orange", "red")) (n=20)
breaks <- seq(min(dat2, na.rm = T), max(dat2, na.rm = T), length.out = 21)

dat2 <- log2(dat+1)
dat2[dat2 == 0] <- NA
heatmap.2(dat2, trace="none", na.color = "black", scale="none", 
          col = my_palette, breaks=breaks)

关于您更常见的可视化问题的两分钱：

1）你的所有数据都高于0，所以我建议使用顺序彩色地图，而不是发散的彩色地图。白色往往被视为0，就像在这种情况下我看到白色并且自动显示为0。

2）你当前的热图对我来说很好看，即聚集和表现良好（旁边的颜色图）。我不确定多少＆＃34;更好＆＃34;它可以得到或者更好的＆＃34;更好的＆＃34;看起来像。

3）如果你的数据中有0，我会保留它们，只要它们有意义。这与数据有关。

4）您可以查看可能以不同方式处理/加权0条目的不同距离指标。

5）将0s设置为NA将更改群集，因为默认情况下，仅在完整案例中计算距离。有关详细信息，请参阅dist。