Question

在下面awk我尝试捕获KCNMA1的所有条件，gene中的行（{1}}中的一行（{1} } $8的{{1}}

因此，在下面的示例中，file中tab-delimited出现的所有实例/行都将打印到KCNMA1。

也可能有多个$8，但是会包含名称output。 ;似乎捕获了可能的4个条件中的2个，但不是当前输出所示的所有实例。谢谢你:)。

基因

KCNMA1

文件

awk

当前输出

KCNMA1

所需的输出（R_Index Chr Start End Ref Alt Func.IDP.refGene Gene.IDP.refGene GeneDetail.IDP.refGene 4629 chr10 78944590 78944590 G A intergenic NONE;KCNMA1 dist=NONE;dist=451371 4630 chr10 79396463 79396463 C T intronic KCNMA1 . 4631 chr10 79397777 79397777 C - exonic KCNMA1;X1X . 4632 chr10 81318663 81318663 C G exonic SFTPA2 . 4633 chr10 89397777 89397777 - GAA exonic NONE;X1X;KCNMA1 .）

R_Index Chr Start   End Ref Alt Func.IDP.refGene    Gene.IDP.refGene    GeneDetail.IDP.refGene
1   chr10   79396463    79396463    C   T   intronic    KCNMA1  .
2   chr10   79397777    79397777    C   -   exonic  KCNMA1;X1X  .

AWK

tab-delimeted

Answer 1

对于单基因，只需作为变量传递

$ awk -v gene='KCNMA1' -v d=';' 'NR==1 || d $8 d ~ d gene d' file

您要使用的计数器似乎没必要，因为您想拥有第一个字段。

如果您想支持基于文件的基因列表，可以使用此

$ awk -v d=';' 'NR==FNR {genes[$0]; next} 
                FNR==1; 
                        {for(g in genes) 
                           if(d $8 d ~ d g d) print}' genes file

awk使用另一个捕获所有实例来过滤文件

1 个答案: