AWK根据另一个文件的列过滤文件

Question

我有两个文件。第一个文件如下所示（但长数千行：

Chr10:2-20 0 0 0 0
Chr1:390-32032 1 2 0 0 
Chr3:32-3020 0 0 1029 20
Chr4:30239-40000 10 15 10 20
Chr10:2-20 9 9 1 8
Chr7:0-80 1 0 3 9
Chr8:0-30 8 6 3 3

第二个文件看起来像这样（但也有数千行）

Chr1:390-32032
Chr4:30239-40000
Chr3:32-3020
....
Chr4:30239-40000

我想生成第三个文件，仅当该Chr记录在第二个文件中时才从第一个文件中提取数据。因此，第三个文件如下所示：

Chr1:390-32032 1 2 0 0 
Chr4:30239-40000 10 15 10 20
Chr3:32-3020 0 0 1029 20
Chr4:30239-40000 10 15 10 20

我对代码的想法是使用AWK和fnr == nr函数。可能将第一列放入数组吗？我似乎无法正常工作。任何帮助将不胜感激。

Answer 1

以下awk构造应该可以完成您想要的工作。

awk 'NR==FNR{a[$1][$0];next} $0 in a {for (i in a[$0]) print i}' file1.txt file2.txt

位置：

a[$1]：在file1传递期间，创建一个二维数组a，其中包含file1的第一列（$ 1）和整行（$ 0）。

$0 in a：在file2传递期间，检查file2的整行（$ 0）是否在数组a的第一个索引中

{for (i in a[$0]) print i}：如果存在，则扫描子数组并打印值。该值将是第一个文件的$ 0。