Question

我有一个包含SAMfields行的文件，其中包含不同制表符分隔字段中的信息和DNA序列。每一行都是一个独特的样本，但每两行都是耦合（配对），所以我想同时从两行中提取信息。

虽然我可以逐行轻松地从这些字段中提取信息，但我希望能够同时分析这两行。是否有循环（或逐行操纵循环的方法）来完成这项工作？

Answer 1

你可以使用itertools做你想做的事。更具体地说izip。我认为它会对你有益，因为它对你的记忆友好，你可以挖掘DNA数据。

import itertools

with open(file) as f:
   for l,j in itertools.izip(f,f):
       print l,j

Answer 2

您可以使用所有奇数行压缩所有偶数行。所以，你可以这样做：

with open(myFile) as inputFile:
    for sequence in zip(inputFile[::2], inputFile[1::2]):
        print(sequence)  # prints lines 0,1 then lines 2,3 etc.

Answer 3

更灵活的方法是使用生成器：

def line_pairs(file):
    file_iter = iter(file)
    while True:
        line1 = next(file_iter)
        line2 = next(file_iter)
        yield (line1, line2)

for line1, line2 in line_pairs(file):
    # do what you want with line1 and line2 available at the same time

现在，如果您意识到需要专门处理某些线条（例如剥离空白线条），您只需修改生成器即可。

在Python中同时从两行中提取信息

3 个答案: