Question

我目前正在编写一个Python脚本，它将一些RNA序列（字符串）传输到UNIX可执行文件中，在处理完它们之后，它会将输出发送回我的Python脚本以供进一步处理。我正在使用子进程模块执行此操作。

但是，为了运行可执行文件，它还必须提供一些额外的参数。使用subprocess.call方法，我一直在尝试运行：

import subprocess

seq= "acgtgagtag"
output= subprocess.Popen(["./DNAanalyzer", seq])

尽管我的环境变量设置正确，但是从终端的命令行运行没有问题的可执行文件，以及正常运行的子进程模块（例如subprocess.Popen（[“ls”]）工作正常），Unix可执行文件打印出相同的输出：

Failed to open input file acgtgagtag.in
Requesting input manually.

这个包中还有一些其他的Unix可执行文件，它们的行为方式相同。我甚至尝试创建一个包含序列的简单文本文件，并在Python脚本和命令行中将其指定为输入，但可执行文件只需要手动输入。

我查看了软件包的手册，但没有提到为什么可执行文件表面上只能通过命令行运行。因为我对这个模块（以及一般的Python）的经验有限，任何人都可以指出这个问题的最佳方法是什么？

Answer 1

Popen()实际上是一个对象的构造函数 - 该对象是一个＆＃34;子shell＆＃34;直接运行可执行文件。但由于我没有设置标准输入或输出（stdin和stdout），因此默认为None，这意味着进程的I / O都是闭合。

我应该做的是传递subprocess.PIPE以表示我想要在我的程序和进程之间管道输入和输出的Popen对象。

此外，脚本的环境变量（在主shell中）与子shell的环境变量不同，并且这些特定的可执行文件需要某些环境变量才能运行（在这种情况下，它是路径到其包中的参数文件）。这是以下列方式完成的：

import subprocess as sb

seq= "acgtgagtag"
my_env= {BIOPACKAGEPATH: "/Users/Bobmcbobson/Documents/Biopackage/"}

p= sb.Popen(['biopackage/bin/DNAanalyzer'], stdin=sb.PIPE, stdout=sb.PIPE, env=my_env)
strb = (seq + '\n').encode('utf-8')
data = p.communicate(input=strb)

创建Popen对象后，我们使用communicate()向其发送格式化的输入字符串。现在可以读取输出，并以任何方式在脚本中进一步处理。

如果没有终端命令行的手动输入，为什么外部可执行文件不会运行？

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