Question

我想知道Snakemake中是否有办法定义一个实际上不是输入文件的依赖项。我的意思是，有些程序希望某些文件存在而命令行中没有提供。

我们以bwa为例。这是Johannes Köster mapping rules的规则：

rule bwa_mem_map:
    input:
        lambda wildcards: config["references"][wildcards.reference],
        lambda wildcards: config["units"][wildcards.unit]
    output:
        "mapping/{reference}/units/{unit}.bam"
    params:
        sample=lambda wildcards: UNIT_TO_SAMPLE[wildcards.unit],
        custom=config.get("params_bwa_mem", "")
    log:
        "mapping/log/{reference}/{unit}.log"
    threads: 8
    shell:
        "bwa mem {params.custom} "
        r"-R '@RG\tID:{wildcards.unit}\t"
        "SM:{params.sample}\tPL:{config[platform]}' "
        "-t {threads} {input}  2> {log} "
        "| samtools view -Sbh - > {output}"

在这里，bwa期望基因组索引文件存在，而它不是命令行参数（索引文件的路径是从基因组路径推导出来的）。

有没有办法告诉Snakemake索引文件是依赖项，如果他知道如何生成这个文件，Snakemake会查看其规则吗？

我想您仍然可以将规则输入重写为：

rule bwa_mem_map:
    input:
        genome=lambda wildcards: config["references"][wildcards.reference],
        fastq=lambda wildcards: config["units"][wildcards.unit]
        index=foo.idx

然后调整规则run部分。这是最好的解决方案吗？

提前致谢。 Benoist

Answer 1

我认为snakemake处理规则之间依赖关系的唯一方法是通过文件，因此当您将索引文件明确地作为映射规则的input时，我说你正在正确地执行它，即使此文件不会出现在映射命令中。

对于它的价值，我对bam索引文件也这样做，这是一些工具的隐式依赖：我将排序的bam文件及其索引都放在input，但只使用bam文件shell或run部分。我有一个规则生成两个文件output。

input和output个文件无需显示在规则的shell / run个部分中。

Snakemake：没有输入的依赖项

1 个答案: