我想要一个大型的计数矩阵。
它包含基因ID，样品名称和丰度。
我想看看哪些样本有哪些基因。
我这样做了：
d <- read.table("mydata")
library(reshape)
dm <- melt(d)
rn <- row.names(dm)
cn <- colnames(dm)
p = ggplot(dm, aes(x=cn, y=rn)) + stat_binhex(bins=50) + scale_fill_continuous(low="grey50", high=“blue") + p + geom_abline(slope=1, col="white") + labs(title="Sub count matrix")
然后我得到：
错误：＆＃34; p = ggplot（dm，aes（x = cn，y = rn））+
中的意外输入
我怀疑是因为我没有为rn和cn分配正确的值。
我想要一张图表，显示基因是否存在x =样本和y =基因。
Mydata看起来像这样：每列称为V1，V2，V3等 每行称为基因ID。
我的数据示例：Small clip of my data
