从Gillespie算法(Python)中提取均值和方差

时间:2016-11-20 21:17:10

标签: python algorithm mean variance

我正在为一个简单的生死过程编写一个Gillespie算法,我一直试图从模拟中得到均值和方差。在经历了所有试验(number_of_repeats)之后,我试图通过在给定时间截止时返回x值列表来使用我的xs(时间)函数拉出x值。然后我尝试找到这些数据的均值和方差(目前使用统计插件中的mean和var函数)。

def xs(time):
    for r in range(number_of_repeats):
        x[r, (t[r, :] <= time)][-1]
for t in time_sample:
    meanx = mean(xs(t))
    variance = var(xs(t))

我一直收到以下错误:

    IndexError                                Traceback (most recent call last)
<ipython-input-38-a3fafa7748b6> in <module>()
     56 
     57 for t in time_sample:
---> 58     meanx = mean(xs(t))
     59     variance = var(xs(t))
     60 

<ipython-input-38-a3fafa7748b6> in xs(time)
     49 def xs(time):
     50     for r in range(number_of_repeats):
---> 51         x[r, (t[r, :] <= time)][-1]
     52 
     53 

IndexError: invalid index to scalar variable.

我不是编码专家,所以我可能在这里犯了一个愚蠢的错误。任何建议将不胜感激,或将予以更正。

编辑:(t [r,:]&lt; = time)行应在满足不等式的最大时间t返回试验r中的x值。

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