Question

我一直在尝试使用蛮力安装库 - 尝试人们在邮件列表中发布的事物的不同组合（我太懒了，不能一个一个地列出它们，但我想我试过了最多的他们。如果能帮助任何人，我也可以列出。）结果有所不同，从丢失的dll的无害消息到RGui无法在我手动删除库之前启动。尽管如此，我还没有成功......

您知道如何正确安装它，以便它可以工作吗？我正在运行64位Windows 7，我并不热衷于从源代码编译软件包。谢谢！

Answer 1

从Bioconductor安装Rgraphviz 2.2.1

根据最新的README：

Rgraphviz现在捆绑了Graphviz。这应该大大简化与早期版本相比，在所有平台上安装。

Bioconductor 2.11包含许多您可能不需要或不需要的库，但它似乎是实现您想要的最简单的途径。这些是Rgraphviz homepage上的说明：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("Rgraphviz")

这些说明适用于Windows 7上的R x64 2.15.2

library("Rgraphviz")

加载必需的包：图表
加载所需的包：grid

set.seed(123)
V <- letters[1:10]
M <- 1:4
g1 <- randomGraph(V, M, 0.2)
plot(g1)

Rgraphviz demo

Answer 2

RGraphviz的源包中的README包含非常清晰的指令。

我认为对于那些只想安装二进制包的用户来说，它有点用户不友好，暗示他们可能还想下载并解压缩包含完整源代码的tar.gz文件，以便找到一些技术信息....结果证明是绝对至关重要的。

Answer 3

我在安装Rgraphviz时遇到同样的问题（在贝叶斯网络包中使用它）。我曾经得到过暴力解决方案，但是，现在我尝试了另一个描述here in this page

的解决方案也许你也试过了。如果您成功安装Rgraphviz，如果您了解我该怎么做，我将不胜感激。

Answer 4

一句警告。如果您严格遵循Rgrahpviz的安装说明，则无法正常工作。安装包graphviz会编辑环境PATH，但不正确。我没注意到，我打赌很多其他人也错过了。

Rgraphviz希望在...;C:\Graphviz2.20\bin\;中查找二进制文件但是graphviz安装仅添加路径;C:\Graphviz2.20\;。

你必须编辑它。较旧的说明建议手动编辑，但是较新的说明会将其留给graphviz。

Answer 5

我在Ubuntu 12.10 x64上使用R-Studio并从BioC软件库安装了Rgraphviz。希望这可以帮助。例如：http://www.biotricks.net/2012/03/rstudio-and-bioconductor.html

Answer 6

我不知道您是否能100％解决问题，但我的安装问题是R版本附带的。 Rgraphiz由Bioconductor开发，似乎已经过时了。但是，自从我搬到一家新公司以来，我就不得不使用它，而无论出于何种原因，他们都在他们的闪亮应用程序中使用它。

话虽这么说，但经过几天的努力，我想出了一个肮脏的解决方案。

首先，我在代码中包括的线，这似乎是必要的，因为没有该行的有光泽的应用根本不执行任何操作开口后：

if（！requireNamespace（'BiocManager'，静默= TRUE）） install.packages（'BiocManager'）

很奇怪，否则它将无法正常工作。以上行在Bioconductor网站上找到：https://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/html/Rgraphviz.html

需要一次做的第二件事是在R控制台安装Rgraphviz包运行下面的命令biocLite

source（“ http://bioconductor.org/biocLite.R”） biocLite（“ Rgraphviz”）

我在另一个线程上发现的上述命令：R: RGraphviz installation

希望此更新对您或任何其他人有帮助。

Answer 7

由于使用R 3.6.1版本，脚本http://bioconductor.org/biocLite.R返回此消息“错误：使用R 3.5版或更高版本，请使用BiocManager安装Bioconductor软件包；请参见https://bioconductor.org/install”以下步骤：

获取R用于安装库的目录列表和使用.libPaths()
使用install.packages("BiocManager")
通过强制目录安装“ bioconductor”库具有以下权限的写权限：BiocManager::install("Rgraphviz", lib = "C:/Users/tizbet/Documents/R/win-library/3.6")

我从事以下R安装：

platform x86_64-w64-mingw32，arch x86_64，os mingw32，system x86_64, mingw32，version.string R version 3.6.1 (2019-07-05)