Question

我已经阅读了RGraphviz页面上的README并查看了R帮助列表中的大量问题，但是我仍然没有找到为什么我无法在R 2.14.0上安装Rgraphviz包的原因

我已下载并安装了Graphviz 2.20.3（虽然开始菜单显示为2.21）
我已将Graphviz bin文件夹添加到用户路径中。


strsplit（Sys.getenv（“PATH”），“;”）   [[1]]    [1]“C：\ Program Files \ R \ R-2.14.0 \ bin \ x64”
   [2]“C：\ Program Files \ Common Files \ Microsoft Shared \ Windows Live”
   [3]“C：\ Program Files（x86）\ Common Files \ Microsoft Shared \ Windows Live”
   [4]“C：\ Windows \ system32”
   [5]“C：\ Windows”
   [6]“C：\ Windows \ System32 \ Wbem”
   [7]“C：\ Windows \ System32 \ WindowsPowerShell \ v1.0 \”
   [8]“C：\ Program Files \ Intel \ WiFi \ bin \”
   [9]“C：\ Program Files \ Common Files \ Intel \ WirelessCommon \”
  [10]“C：\ Program Files \ Intel \ DMIX”
  [11]“C：\ Program Files（x86）\ NTRU Cryptosystems \ NTRU TCG Software Stack \ bin \”
  [12]“C：\ Program Files \ NTRU Cryptosystems \ NTRU TCG Software Stack \ bin \”
  [13]“C：\ Program Files（x86）\ Intel \ Services \ IPT \”
  [14]“C：\ Program Files \ Dell \ Dell Data Protection \ Access \ Advanced \ Wave \ Gemalto \ Access Client \ v5 \”   [15]“C：\ Program Files（x86）\ Windows Live \ Shared”
  [16]“c：\ Program Files（x86）\ Microsoft SQL Server \ 100 \ Tools \ Binn \”
  [17]“c：\ Program Files \ Microsoft SQL Server \ 100 \ Tools \ Binn \”
  [18]“c：\ Program Files \ Microsoft SQL Server \ 100 \ DTS \ Binn \”
  [19]“C：\ Program Files（x86）\ Graphviz2.20 \ bin”
使用bioconductor安装Rgraphviz包。


源（ “http://bioconductor.org/biocLite.R”）   biocLite（ “Rgraphviz”）   BioC_mirror：'http://www.bioconductor.org'   使用R版本2.14，BiocInstaller版本1.2.1。   安装包'Rgraphviz'   将软件包安装到'C：/Users/Abraham/R/win-library/2.14'   （因为'lib'未指定）   尝试网址'http://www.bioconductor.org/packages/2.9/bioc/bin/windows/contrib/2.14/Rgraphviz_1.32.0.zip'   内容类型'application / zip'长度933734字节（911 Kb）   打开网址   下载了911 Kb

包'Rgraphviz'成功解包并检查MD5总和

下载的软件包在     C：\ Users \用户亚伯拉罕\应用程序数据\本地的\ Temp \ RtmpYNFDxs \ downloaded_packages 警告信息： 'boot'无法更新，安装目录'C：/ Program Files / R / R-2.14.0 / library'不可写 'class'无法更新，安装目录'C：/ Program Files / R / R-2.14.0 / library'不可写 'cluster'无法更新，安装目录'C：/ Program Files / R / R-2.14.0 / library'不可写 'foreign'无法更新，安装目录'C：/ Program Files / R / R-2.14.0 / library'不可写 'KernSmooth'无法更新，安装目录'C：/ Program Files / R / R-2.14.0 / library'不可写 'lattice'无法更新，安装目录'C：/ Program Files / R / R-2.14.0 / library'不可写 'MASS'无法更新，安装目录'C：/ Program Files / R / R-2.14.0 / library'不可写 'Matrix'无法更新，安装目录'C：/ Program Files / R / R-2.14.0 / library'不可写 'mgcv'无法更新，安装目录'C：/ Program Files / R / R-2.14.0 / library'不可写 'nlme'无法更新，安装目录'C：/ Program Files / R / R-2.14.0 / library'不可写 'n [...截断]

现在它声明Rgraphviz已成功解压缩。但是，当我尝试使用库导入包时，收到错误消息。

> library("Rgraphviz")
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'Rgraphviz', details:
  call: value[[3L]](cond)
  error: unable to load shared object 'C:/Users/Abraham/R/win-library/2.14/Rgraphviz/libs/x64/Rgraphviz.dll':
  LoadLibrary failure:  %1 is not a valid Win32 application.


  Check that (1) graphviz is installed on your system; (2) the installed version of graphviz matches '2.20.3'; this is
  the version used to build this Rgraphviz package; (3) graphviz is accessible to R, e.g., the path to the graphviz
  'bin' directory is in the system 'PATH' variable.  See additional instructions in the 'README' file of the Rgraphviz
  'source' distribution, available at

  http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/Rgraphviz.html

  Ask further questions on the Bioconductor mailing list

  http://bioconductor.org/docs/mailList.html


Error: package/namespace load failed for ‘Rgraphviz’

任何人都知道可能出现什么问题？我在不同版本的R上尝试了这个并且发生了同样的问题。

和FYI：

> sessionInfo()
R version 2.14.0 (2011-10-31)
Platform: x86_64-pc-mingw32/x64 (64-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1252    LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                           LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] grid      stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] graph_1.32.0        BiocInstaller_1.2.1

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_2.14.0

Answer 1

就个人而言，我建议（a）更新到R-2.15.1，然后（b）使用'devel'版本的Bioconductor（'devel'版本将成为10月2日的发布版本，所以对于患者建议等到那时）。使用

执行新的R安装中的（b）
source("http://bioconductor.org/biocLite.R") BiocInstaller::useDevel()

More detailed instructions涵盖了您希望同时使用Bioconductor的发布和开发版本的情况。然后将Rgraphviz安装为

biocLite("Rgraphviz")

故事结束，没有要安装的graphviz等等。

问题在Windows中安装RGraphviz

1 个答案: