假设我有一个需要两个参数的命令,例如
bismark -1 R1_1.fastq -2 R1_2.fastq
实际上,R1_1.fastq和R1_2.fastq可以通过
获得ls *fastq | paste - -
或者可以用
获得echo samplelist.txt
我的问题是如何将这两个命令合并为一行?
ls *fastq | paste - - | xargs -n 2 | bismark -1 {} -2 {}
感谢。
答案 0 :(得分:2)
while read f g
do
bismark -1 "$f" -2 "$g"
done < samplelist.txt
或者:
xargs -n2 sh -c 'bismark -1 "$1" -2 "$2"' . < samplelist.txt
答案 1 :(得分:1)
使用数组,这很简单:
map:{
'videogular2': 'node_modules/videogular2',
},
packages:{
'videogular2':{
main: 'core.js',
defaultExtension:'js'
}
}
答案 2 :(得分:1)
使用GNU Parallel,您可以:
ls *fastq | parallel -N2 bismark -1 {1} -2 {2}