Question

使用options(show.error.locations = TRUE)处理异常时，使用tryCatch显示错误位置似乎不起作用。我试图显示错误的位置，但我不知道如何：

options(show.error.locations = TRUE)

tryCatch({
    some_function(...)
}, error = function (e, f, g) {
    e <<- e
    cat("ERROR: ", e$message, "\nin ")
    print(e$call) 
})

如果我查看变量e，那么该位置似乎不存在：

> str(e)
List of 2
 $ message: chr "missing value where TRUE/FALSE needed"
 $ call   : language if (index_smooth == "INDEX") {     rescale <- 100/meanMSI[plotbaseyear] ...
 - attr(*, "class")= chr [1:3] "simpleError" "error" "condition"

如果我没有捕获错误，它将与源文件和行号一起打印在控制台上。如何使用tryCatch？

Answer 1

<强>上下文

如Willem van Doesburg所述，无法使用traceback() function来显示tryCatch()发生错误的位置，据我所知，目前还没有实用的方法使用tryCatch 时，在R 中存储基本函数的错误位置。

单独错误处理程序的想法

我找到的可能解决方案由两部分组成，主要部分是编写一个类似于Chrispy from "printing stack trace and continuing after error occurs in R"的错误处理程序，它生成一个包含错误位置的日志。第二部分是将此输出捕获到变量中，类似于Ben Bolker in "is it possible to redirect console output to a variable"建议的那样。

当出现错误然后处理时，R中的调用堆栈似乎被清除（我可能错了所以欢迎任何信息），因此我们需要在错误发生时捕获它。

有错误的脚本

我使用了前面一个问题中的一个示例，其中R error occured将以下函数存储在一个名为“TestError.R”的文件中，我在下面的示例中调用该文件：

# TestError.R f2 <- function(x) { if (is.null(x)) "x is Null" if (x==1) "foo" } f <- function(x) { f2(x) } # The following line will raise an error if executed f(NULL)

错误跟踪功能

这是我在上面提到的Chrispy的代码中修改的功能。执行时，如果出现错误，下面的代码将打印发生错误的位置，在上述功能的情况下，它将打印： "Error occuring: Test.R#9: f2(x)"和"Error occuring: Test.R#14: f(NULL)"表示错误是由于第14行的f(NULL)函数出现问题导致第9行引用f2()函数

# Error tracing function withErrorTracing = function(expr, silentSuccess=FALSE) { hasFailed = FALSE messages = list() warnings = list() errorTracer = function(obj) { # Storing the call stack calls = sys.calls() calls = calls[1:length(calls)-1] # Keeping the calls only trace = limitedLabels(c(calls, attr(obj, "calls"))) # Printing the 2nd and 3rd traces that contain the line where the error occured # This is the part you might want to edit to suit your needs print(paste0("Error occuring: ", trace[length(trace):1][2:3])) # Muffle any redundant output of the same message optionalRestart = function(r) { res = findRestart(r); if (!is.null(res)) invokeRestart(res) } optionalRestart("muffleMessage") optionalRestart("muffleWarning") } vexpr = withCallingHandlers(withVisible(expr), error=errorTracer) if (silentSuccess && !hasFailed) { cat(paste(warnings, collapse="")) } if (vexpr$visible) vexpr$value else invisible(vexpr$value) }

存储错误排名和消息

我们调用上面的脚本TestError.R并在变量中捕获打印输出，此处称为errorStorage，我们可以稍后处理或简单地显示。

errorStorage <- capture.output(tryCatch({ withErrorTracing({source("TestError.R")}) }, error = function(e){ e <<- e cat("ERROR: ", e$message, "\nin ") print(e$call) }))

因此，我们将e的值与呼叫和消息以及错误位置的位置保持一致。 errorStorage输出应如下所示：

[1] "[1] \"Error occuring: Test.R#9: f2(x)\" \"Error occuring: Test.R#14: f(NULL)\"" [2] "ERROR: argument is of length zero " [3] "in if (x == 1) \"foo\""

希望这可能有所帮助。

Answer 2

您可以在错误处理程序中使用traceback（）来显示调用堆栈。 tryCatch中的错误不会产生行号。另请参阅回溯中的help。如果您以防御方式使用tryCatch语句，这将有助于缩小错误的位置。

这是一个有效的例子：

## Example of Showing line-number in Try Catch

# set this variable to "error", "warning" or empty ('') to see the different scenarios
case <- "error"

result <- "init value"

tryCatch({

  if( case == "error") {
    stop( simpleError("Whoops:  error") )
  }

  if( case == "warning") {
    stop( simpleWarning("Whoops:  warning") )
  }

  result <- "My result"
},
warning = function (e) {
  print(sprintf("caught Warning: %s", e))
  traceback(1, max.lines = 1)
},
error = function(e) {
  print(sprintf("caught Error: %s", e))
  traceback(1, max.lines = 1)
},
finally = {
  print(sprintf("And the result is: %s", result))
})

如何在tryCatch中显示错误位置？

2 个答案: