我有一个带有一列短句的火花数据框,以及一个带有分类变量的列。我想对分类变量上的句子tf-idf
执行one-hot-encoding
,然后将其输出到我的驱动程序上的稀疏矩阵(一旦它的尺寸小得多(对于scikit-learn模型))。
以稀疏形式从火花中获取数据的最佳方法是什么?似乎稀疏向量上只有toArray()
方法,它输出numpy
个数组。但是,文档确实说scipy稀疏数组can be used in the place of spark sparse arrays.
请记住,tf_idf值实际上是一列稀疏数组。理想情况下,将所有这些功能集成到一个大的稀疏矩阵中会很好。
答案 0 :(得分:11)
一种可能的解决方案可以表达如下:
将要素转换为RDD
并提取向量:
from pyspark.ml.linalg import SparseVector
from operator import attrgetter
df = sc.parallelize([
(SparseVector(3, [0, 2], [1.0, 3.0]), ),
(SparseVector(3, [1], [4.0]), )
]).toDF(["features"])
features = df.rdd.map(attrgetter("features"))
添加行索引:
indexed_features = features.zipWithIndex()
展平为元组(i, j, value)
的RDD:
def explode(row):
vec, i = row
for j, v in zip(vec.indices, vec.values):
yield i, j, v
entries = indexed_features.flatMap(explode)
收集并重塑:
row_indices, col_indices, data = zip(*entries.collect())
计算形状:
shape = (
df.count(),
df.rdd.map(attrgetter("features")).first().size
)
创建稀疏矩阵:
from scipy.sparse import csr_matrix
mat = csr_matrix((data, (row_indices, col_indices)), shape=shape)
快速健全检查:
mat.todense()
预期结果:
matrix([[ 1., 0., 3.],
[ 0., 4., 0.]])
另一个:
将features
的每一行转换为矩阵:
import numpy as np
def as_matrix(vec):
data, indices = vec.values, vec.indices
shape = 1, vec.size
return csr_matrix((data, indices, np.array([0, vec.values.size])), shape)
mats = features.map(as_matrix)
并使用vstack
缩小:
from scipy.sparse import vstack
mat = mats.reduce(lambda x, y: vstack([x, y]))
或collect
和vstack
mat = vstack(mats.collect())