如何指示R安装尚未安装的所有Bioconductor软件包？

Question

显然安装所有Bioconductor包并不是那么麻烦

安装所有Bioconductor软件包

biocLite（all_group（））

但是，如果您只想安装那些不可用并安装在您计算机上的软件包，那么正确的做法是什么？

Answer 1

您可以轻松使用

IP <- installed.packages()

和

AP <- available.packages()

然后将这些内容反馈到setdiff()以计算差异。

Answer 2

在安装BioConductor中的差异时，我会很小心。我遇到的情况是我最初安装了依赖于A.1的软件包B.1。几周或几个月后，我将安装依赖于C.2的软件包B.2。

请记住，仅BioConductor 会保持可用软件包的最新版本。这意味着B.1不再可以通过BioConductor使用。因此，R以其无穷的智慧，将以B.1来愉快地掩盖您先前安装的B.2，破坏 A.1的功能，使您的整体走向安装成一团糟。

为缓解此问题，建议您一次安装所有要使用的软件包。使用R的最新版本（目前为3.6.0）

# Install into directory of your choosing.
# Be sure to appropriately set .libPaths in your .Rprofile
.libPaths = .libPaths("/some/local/path/3.6.0-lib_all_bioc") 

install.packages("BiocManager")
library(BiocManager)
repos = BiocManager::available()
BiocManager::install(repos)

请记住，用于安装BioConductor的instructions最近（在过去的一两年中）已更改。