Question

我有一个RLE压缩DICOM文件，它有PALETTE_COLOR光度学解释。使用GDCM，我可以使用以下代码获取片段：

gdcm.ImageReader imagereader = new gdcm.ImageReader();
imagereader.SetFileName(fileName);
if (imagereader.Read())
  {
  DataElement compressedPixelData = imagereader.GetFile().GetDataSet().GetDataElement(Helper.PIXEL_DATA);
  SequenceOfFragments sf = compressedPixelData.GetSequenceOfFragments();
  if (sf == null) throw new Exception("Cannot get fragments!");
  Fragment frag = sf.GetFragment((uint)frameNumber);
  uint bufLen = Convert.ToUInt32(frag.GetByteValue().GetLength().toString());
  byte[] buffer = new byte[bufLen];
  frag.GetByteValue().GetBuffer(buffer, bufLen);
  }

现在我正在尝试从缓冲区创建一个图像。由于它是PALETTE_COLOR，我必须将LUT应用于缓冲区。我使用这段代码：

gdcm.LookupTable lut = imagereader.GetImage().GetLUT();

int size = ImageWidth * ImageHeight * 3;
byte[] decodedBuffer = new byte[size];

bool worked = lut.Decode(decodedBuffer, (uint)size, buffer, (uint)bufLen);

if (worked)
   return decodedBuffer;
else
   return buffer;

decodeBuffer大小为Width * Height * 3，因为我在应用LUT后期望RGB像素。但结果图像不正确。

如果我使用ImageApplyLookupTable课程，我可以正确显示图像。

我不想使用ImageApplyLookupTable类，因为它会将整个图像（所有片段！）解码为原始RGB像素并消耗大量内存。我想逐帧解码framge以最小化内存使用。

您能否指出我如何正确使用gdcm.LookupTable类来一次解码一个帧？我使用的示例文件是here.

更新：使用ImageRegionReader用于8位PALETTE COLOR，但不能用于16位，你能检查一下原因吗？我有16位的样本here。

Answer 1

GDCM附带了大量示例，在您的情况下，我建议您开始阅读：ExtractImageRegionWithLUT.cs。

代码非常愚蠢，因为它会在前一个提取的帧上反复写入。但无论如何，这应该给你基本的想法。这是我在这里做的：

首先确保你的C＃示例是构建的（我在我的情况下使用make）：

$ make GDCMCSharpExample

然后：

$ ExtractImageRegionWithLUT.exe PAL-16_RLE.dcm

在UNIX上，这将创建一个原始文件，您可以使用gdcmimg转换回DICOM：

$ gdcmimg --depth 16 --spp 3 --size 800,600 /tmp/frame_rgb.raw /tmp/frame_rgb.raw.dcm

然后您可以简单地查看它：

$ gdcmviewer /tmp/frame_rgb.raw.dcm

您甚至可以使用以下内容来说服自己：

$ gdcmimg -C 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.3.1 --depth 16 --spp 3 --size 800,600 /tmp/frame_rgb.raw /tmp/frame_rgb.raw.dcm

在DICOM文件上使用GDCM应用LUT

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