Rmarkdown调用与bash不同的Python

Question

我试图从Rmarkdown中调用Python脚本。该脚本依赖于Biopython，但是如果从rmarkdown调用

，则找不到此库 来自Rmarkdown的

```{r, engine = "bash"}
python --version
```

  

Python 2.7.10

来自bash shell的

python --version

  

Python 2.7.12

如何控制调用哪个版本？

（我记得已经安装了一个与自制程序不同的python版本，这可能导致了这个混乱......）

Answer 1

您需要在块中设置engine.path变量。如果您使用的是Anaconda，它可能看起来像这样......

```{python, engine.path="~/anaconda3/bin/python"}
your code here...
```

当您在终端中运行正确的python时，您可以运行...

import sys
print(sys.executable)

这应该指向你应该作为参数传递给RMarkdown / knitr中的engine.path的python可执行文件的位置。