我正在尝试模拟数据,然后将非线性混合效果模型拟合到它。但在大多数情况下,我的随机效应是完全相关的,我不明白为什么。我认为这是经常出现错误的原因(矩阵的奇异性或算法不会收敛......)
该图显示了随机效应的对图。
模型的输出由
给出 [Nonlinear mixed-effects model fit by maximum likelihood
Model: conc ~ SSmicmen(time, Vm, K)
Data: groupedData(conc ~ time | subject, data = sample2)
Log-likelihood: -101.3446
Fixed: Vm + K ~ 1
Vm K
4.253410 8.732609
Random effects:
Formula: list(Vm ~ 1, K ~ 1)
Level: subject
Structure: General positive-definite, Log-Cholesky parametrization
StdDev Corr
Vm 1.1218405 Vm
K 4.1308831 1
Residual 0.9296998
Number of Observations: 72
Number of Groups: 12][1]
我是NLMEM的新手,但如果存在如此大的相关性,这不太合适......?我不想减少随机效应。 我尝试使用不同的协方差矩阵来生成随机效应,对角线,非对角线...总是同样的问题。有人可以给我一些解释吗?也许样本量不够大?
我创建了这样的数据:
for (m in 1:n1)
{
b1=rmvnorm(1,rep(0,2),sigma=S1) #random effect vector
y1=(5+b1[1])*x/(3+b1[2]+x)+rnorm(length(x),mean=0,sd=sqrt(sigma1))
gr1[m,]=y1
}
这是一个Michalis Menten模型,我有n1个科目,每个科目用x测量(x的长度是6)。矩阵S1是我假设的随机效应的方差协方差矩阵,我尝试了不同的...然后我使用这些数据创建一个分组的数据对象然后我适合模型:
nlme(conc~SSmicmen(time, Vm, K),data=groupedData(conc~time|subject,data=sample1),fixed=Vm+K~1,start=c(Vm=5,K=3),control=nlmeControl(maxIter=2000,opt="nlminb",tolerance=0.00001))