R：ggplot2：避免重叠点和颜色形成

时间：2016-09-26 19:12:51

标签： r ggplot2 overlap jitter

我是SO的新手，对R来说相对较新，所以请放轻松吧！

这是我的方案：我的数据框有24个元分析分布（Dist1-Dist24）。对于每个分布，我有7个关于异常值去除前的元分析平均效应大小的估计值（ES1.before-ES7.before）和异常值去除后的7个估计值（ES1.after-ES7.after）。因此，每个分布总共可以得到14个点。

我能做什么：使用以下数据框和脚本，我可以绘制每个分布的所有估算值。

这是我的数据框，使用＆＃34; |＆＃34;分隔。 （管）。请注意，某些单元格是故意空白的。

|x|ES1.before|ES2.before|ES3.before|ES4.before|ES5.before|ES6.before|ES7.before|ES1.after|ES2.after|ES3.after|ES4.after|ES5.after|ES6.after|ES7.after|
|Dist 1|-0.10|-0.1|-0.02|-0.04|-0.13|-0.03|0.00|-0.09|-0.09|-0.04|-0.06|-0.11|-0.03|-0.010|
|Dist 2|-0.11|-0.11|-0.06|-0.07|-0.14|-0.08|-0.06|-0.09|-0.09|-0.06|-0.07|-0.11|-0.08|-0.06|
|Dist 3|-0.12|-0.13|-0.03|-0.12|-0.15|-0.07|-0.02|-0.09|-0.09|-0.03|-0.04|-0.11|-0.04|0.00|
|Dist 4|-0.09|-0.09|-0.03|-0.04|-0.13|-0.05|-0.01|-0.11|-0.11|-0.06|-0.08|-0.13|-0.06|-0.05|
|Dist 5|-0.17|-0.17|-0.13|-0.13|-0.19|-0.11|-0.13|-0.16|-0.16|-0.13|-0.12|-0.18|-0.11|-0.13|
|Dist 6|-0.10|-0.10|-0.03|-0.04|-0.13|-0.04|-0.02|-0.08|-0.08|-0.04|-0.04|-0.10|-0.03|-0.02|
|Dist 7|-0.07|-0.07|-0.02|-0.02|-0.09|-0.06|-0.01|-0.08|-0.08|-0.03|-0.07|-0.09|-0.10|-0.01|
|Dist 8|-0.04|-0.05|0.00|-0.04|-0.09|-0.01|-0.01|-0.03|-0.03|-0.01|-0.01|-0.06|-0.01|0.00|
|Dist 9|-0.15|-0.15|-0.08|-0.11|-0.17|-0.08|-0.05|-0.12|-0.12|-0.08|-0.11|-0.14|-0.08|-0.07|
|Dist 10|-0.09|-0.09|-0.03|-0.05|-0.12|-0.03|0.00|-0.08|-0.09|-0.02|-0.05|-0.10|-0.03|0.00|
|Dist 11|-0.12|-0.09|-0.02|-0.02|-0.14|0|0.01|-0.12|-0.12|-0.07|-0.07|-0.13|-0.09|0.08|
|Dist 12|-0.07|-0.07|-0.02|-0.02|-0.11|-0.02|-0.01|
|Dist 13|-0.09|-0.09|-0.03|-0.05|-0.13|-0.03|-0.01|-0.07|-0.07|-0.03|-0.04|-0.09|-0.01|-0.01|
|Dist 14|-0.1|-0.09|-0.04|-0.06|-0.12|-0.05|-0.01|-0.12|-0.12|-0.05|-0.12|-0.14|-0.09|0.01|
|Dist 15|-0.05|-0.05|-0.04|-0.04|-0.04|-0.04|-0.03|
|Dist 16|-0.17|-0.17|-0.07|-0.11|-0.20|-0.09|-0.03|-0.16|-0.16|-0.07|-0.11|-0.18|-0.09|-0.07|
|Dist 17|-0.18|-0.18|-0.06|-0.18|-0.23|-0.09|-0.11|                     
|Dist 18|-0.23|-0.23|-0.05|-0.21|-0.26|-0.15|0.01|-0.11|-0.10|-0.04|-0.11|-0.12|-0.09|0.02|
|Dist 19|-0.07|-0.07|-0.02|-0.02|-0.12|-0.05|-0.01|-0.06|-0.06|-0.03|-0.03|-0.07|-0.02|0.00|
|Dist 20|-0.10|-0.10|-0.04|-0.07|-0.13|-0.06|-0.02|-0.10|-0.10|-0.04|-0.08|-0.12|-0.06|-0.02|
|Dist 21|-0.10|-0.10|-0.03|-0.05|-0.13|-0.04|-0.01|-0.09|-0.09|-0.05|-0.07|-0.11|-0.06|-0.05|
|Dist 22|-0.15|-0.15|-0.15|-0.15|-0.19|-0.04|-0.11|
|Dist 23|-0.11|-0.11|-0.05|-0.06|-0.14|-0.03|0.03|
|Dist 24|-0.10|-0.10|-0.04|-0.06|-0.16|-0.03|-0.05|-0.10|-0.10|-0.06|-0.07|-0.13|-0.04|-0.05|

这是我的代码：

# setwd("your path")

# install packages
install.packages("ggplot2")
library(ggplot2)
install.packages("reshape2")
library(reshape2)
windowsFonts(TNR = windowsFont("Times New Roman"))

# load the data 
d1 <- read.table(file.choose(), sep=",", header=TRUE)

# normalize the data (i.e., convert into 'long' form)
dat1 = melt(d1, id.vars = "x")

# Set x factor order in order that appears in data
dat1$x = factor(dat1$x, levels = unique(dat1$x))

# Begin plotting
Fig1 <- ggplot(dat1, aes(x=x, y= value))+
    geom_point(aes(shape = variable)) +
    geom_line(data=dat1[!is.na(dat1$value),]) +
    scale_shape_manual(values = 0:13) +
    geom_hline(yintercept = 0, linetype=2) +
    coord_flip() +
    xlab('Distribution') +
    ylab('Effect size') +
    ylim(-.30, .05)

Fig1 <- Fig1 + 
    theme_bw() + 
    theme(panel.border = element_blank(), 
          panel.grid.major = element_blank(),
          panel.grid.minor = element_blank(), 
          axis.line.x = element_line(colour = "black"),
          axis.line.y = element_line(colour = "black"),
          axis.text.x = element_text(size = 8),
          axis.text.y = element_text(size = 8),
          legend.position = ("bottom"),
          legend.title=element_blank(),
          legend.text=element_text(size=8),
          legend.key = element_rect(colour = NA))

Fig1

这是我可以制作的图：

Distribution of effect sizes

注意：（1）数据帧，（2）语法，（3）图可以在Dropbox folder here

中找到

我有两个问题：

（1）ES1.before和ES1.after（依此类推）可以共享相同的形状但是有不同的颜色吗？例如，有没有办法让ES1.before为蓝色形状，ES1.after为红色形状，ES2.before和ES2.after分别为不同的蓝色和红色形状，依此类推？

（2）目前，当效果大小值相同时，形状重叠。当效果大小值相同时，有没有办法将形状叠加在一起？请注意，我已经玩过“躲闪”＃39;和＆＃39;抖动＆＃39;功能广泛，但未能找到解决方案。

感谢任何愿意帮助我的人:)如果有什么不清楚我会道歉。我将非常乐意澄清任何不清楚的事情。

1 个答案:

答案 0 :(得分：0)

这对你有用吗？在ggplot中，如果要颜色或形状，最佳做法是在绘图data_frame中通过serperate列调整美观。所以我只是在它之前/之后移动到它自己的列中从变量中删除它。

library(dplyr)
library(magrittr)
library(ggbeeswarm)
dat1 %<>% mutate(time = gsub(".*\\.", "", variable),
             variable = gsub("\\..*", "", variable))

# Begin plotting
Fig1 <- ggplot(dat1, aes(x=x, y= value, colour = time, group = variable))+
    geom_point(aes(shape = variable), position = position_quasirandom()) +
    geom_line(data=dat1[!is.na(dat1$value),], aes(colour = NULL, group = NULL)) +
    scale_shape_manual(values = 0:13) +
    geom_hline(yintercept = 0, linetype=2) +
    coord_flip() +
    xlab('Distribution') +
    ylab('Effect size') +
    ylim(-.30, .05)

Fig1 <- Fig1 + 
    theme_bw() + 
    theme(panel.border = element_blank(), 
          panel.grid.major = element_blank(),
          panel.grid.minor = element_blank(), 
          axis.line.x = element_line(colour = "black"),
          axis.line.y = element_line(colour = "black"),
          axis.text.x = element_text(size = 8),
          axis.text.y = element_text(size = 8),
          legend.position = ("bottom"),
          legend.title=element_blank(),
          legend.text=element_text(size=8),
          legend.key = element_rect(colour = NA))

Fig1

enter image description here 

# Bonus: Instead of setting all of those theme parameters each time try theme_set
# if you call this at the start of your script all of your plots will inherit these attributes
# these are just what I use regularly
theme_set(theme_light() + theme(axis.title = element_text(size = rel(1.5)),
                            axis.text = element_text(size = rel(1.5)),
                            plot.title = element_text(size = rel(2)),
                            strip.text = element_text(size = rel(1.5)),
                            legend.title = element_text(size = rel(1.5), face = "bold"),
                            legend.text = element_text(size = rel(1.5)),
                            axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = .5)))
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