如何使用R设置ANCOVA的2路重复测量?

时间:2016-09-21 22:08:49

标签: r anova

我还没有看到在我使用R搜索的许多论坛中进行此特定测试的示例。我已经看到了单向ANCOVA here或双向ANOVA(重复测量){{的示例3}}。在跳过几个篮球后,我已经在这里展示了我的版本,我不确定它是否正确。

我正在尝试为临床试验的结果设置统计检验。该研究的简化版本如下。在这项研究中,我将我的受试者分为两组(条件A和B),每组n = 3名受试者。在4个时间点内在这些受试者中测量依赖变量(DV)。我的目标是进行双向ANCOVA(重复测量)。提出问题: - 响应变量(DV)受条件时间点与bodywt作为协变量的相互作用的影响。

注意:我必须坚持使用“传统”aov功能,而不是lmelmer,因为我的报告将与SPSS生成的输出进行比较 - - 请here aovlme不一样。

我的示例代码:

SubjectID <- rep(1:6, each= 4) 
Condition <- c(rep('A',12),rep('B',12))
bodywt <-  rep(16:20, each= 4) 
timepoint <- rep(1:4, 6)
DV <- c(42,51,63,57,46,60,63,61,41,55,62,57,73,56,53,58,50,60,56,54,52,57,54,54)

data <- data.frame(SubjectID = SubjectID,
Condition = Condition,
bodywt = bodywt,
timepoint = timepoint,
DV = DV)

#Setting up my 2 way ANCOVA repeated measures 

stat_result <- aov(DV~Condition*timepoint + bodywt:Condition + Error(SubjectID), data)
summary(stat_result)


#Error: SubjectID
#          Df Sum Sq Mean Sq
#Condition  1 0.8036  0.8036
#
#Error: Within
#                    Df Sum Sq Mean Sq F value  Pr(    #F)   
#Condition            1   41.8    41.8   1.341 0.26282   
#timepoint            1  126.1   126.1   4.045 0.06042 . 
#Condition:timepoint  1  323.4   323.4  10.377 0.00501 **
#Condition:bodywt     2   81.7    40.9   1.311 0.29540   
#Residuals           17  529.8    31.2                   
#---
#Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

我知道我走在正确的轨道上,因为当我删除协变量bodywt时,我注意到F值和Pr(F) Condition:timepoint可预测受到影响。

stat_result <- aov(DV~Condition*timepoint + bodywt + Error(SubjectID), data)

summary(stat_result)

#Error: SubjectID
#          Df Sum Sq Mean Sq
#Condition  1 0.8036  0.8036
#
#Error: Within
#                    Df Sum Sq Mean Sq F value  Pr(    #F)   
#Condition            1   41.8    41.8   1.231 0.28175   
#timepoint            1  126.1   126.1   3.714 0.06989 . 
#bodywt               1    0.5     0.5   0.015 0.90435   
#Condition:timepoint  1  323.4   323.4   9.527 0.00636 **
#Residuals           18  611.0    33.9                   
#---
#Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

我的问题是:

  1. 我的代码是否是设置双向重复测量ANCOVA的正确方法?
  2. (奖金问题)比较两组之间的最佳后期测试。我宁愿远离lme或lmer。
  3. 提前致谢

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