Question

我已下载Allen神经元模型： Nr5a1-Cre VISp layer 2/3 473862496

使用所有必需的软件包安装Anaconda，拥有NEURON： https://alleninstitute.github.io/AllenSDK/install.html

现在我如何使用allensdk包通过NEURON运行他们的模型，

他们有一种解释： http://alleninstitute.github.io/AllenSDK/biophysical_models.html

但我在哪里写下这段代码呢？蟒蛇？ Anaconda promt？蜘蛛？

不是python不是Anaconda接受代码，所以我想我需要先访问allensdk包，我该怎么做？

谢谢。

Answer 1

感谢您的提问。您的文档链接中的第一个示例显示了如何下载模型，您可能已经完成了。我这样做是通过编写python脚本并从命令提示符运行它。

脚本如下所示：

from allensdk.api.queries.biophysical_api import BiophysicalApi

bp = BiophysicalApi() 
bp.cache_stimulus = True # change to False to not download the large stimulus NWB file
neuronal_model_id = 473862496    # here's your model
bp.cache_data(neuronal_model_id, working_directory='neuronal_model')

您可以从命令提示符运行此命令（Anaconda命令提示符正常），如下所示：

$ python <your_script_name.py>

向下移动文档，运行模型的下一步是在命令提示符下运行以下命令：

$ cd neuronal_model
$ nrnivmodl ./modfiles   # compile the model (only needs to be done once)
$ python -m allensdk.model.biophysical.runner manifest.json

首先，您进入第一个脚本中指定的工作目录。

接下来，您运行NEURON二进制文件（nrnivmodl），它会编译您的modfiles。你需要安装带有python绑定的NEURON，并在你的PATH上运行它。我不确定这一点，但我认为在Windows中编译modfiles需要不同的命令/工作流程。如果那是您的操作系统，我将不得不在这里推荐您，因为我对Windows上的NEURON不太熟悉：

https://www.neuron.yale.edu/neuron/static/docs/nmodl/mswin.html

接下来，您将根据我们在第一个脚本（manifest.json）中下载的文件之一调用与allensdk一起打包的脚本来运行模型。

Anaconda allensdk NEURON模型

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