Question

我正在运行cmd-line R（版本3.3.1），没有任何问题。从CRAN或GitHub本地安装任何软件包（即对于运行会话的用户）都可以。

但是，为了在全球范围内安装pagkages，我使用：

$ sudo su -l -c "/usr/bin/R -e \"install.packages('package-name', repos='https://cran.rstudio.com/')\""
/usr/bin/R: line 8: uname: command not found

启动R会话后：

> install.packages('package-name',repos='https://cran.rstudio.com/')

在R会话中正确执行。

正确下载了包组件，在最后一个完成下载后，我得到了16个相同的实例：

/usr/lib/R/bin/R: line 8: uname: command not found
/usr/lib/R/bin/R: line 143: exec: sh: not found

最后是

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpqL1osU/downloaded_packages’
There were 16 warnings (use warnings() to see them)
> 
> 
sh: 1: rm: not found

我尝试了devtools，swirl，...，我想为平台上的所有用户安装的所有软件包。

从CRAN在本地库中安装，即对于给定用户，不会给您带来任何麻烦。谁能建议我该怎么做？感谢。

Answer 1

当您使用sudo时/usr/bin似乎不在$PATH中（来自$PATH的{{1}}被sudo使用，/etc/sudoers未加载）。

一种解决方法是使用etc/profile然后执行安装（应加载su -）。另一种解决方案可能是在您的sudo语句中将etc/profile添加到/usr/bin。

Answer 2

我只是花了一个多小时来尝试解决此问题，所以我将交叉发布一个对我有用的solution from RStudio（此帖子在Google上更容易找到）。

我在与reticulate无关的问题上，所以我尝试从 clean-slate 开始。 completely removing RStudio/r-base-core from Ubuntu 18之后，然后重新安装，我从上面注意到了这个问题：

/usr/lib/R/bin/R: line 8: uname: command not found
/usr/lib/R/bin/R: line 143: exec: sh: not found

问题

以前安装时，我的主目录中有一个.Renviron文件。它有GITHUB_PAT，GITHUB_USERNAME和一个PATH（对于python）。删除后，我便可以再次安装软件包。

全局安装R-packages失败

2 个答案:

问题