igraph：解决紧密重叠的节点

Question

我有一个包含几百个节点和边的图。断开连接的子图分离出来并很好地解决，但子图中的节点重叠并且不能很好地解析。我尝试了几种布局算法，并尝试更改布局算法中的相关参数（例如：iter，kkconst，start.temp等）。但是，我仍然无法驱散紧密集群的节点。见下图。

我希望找到一些参数来控制吸引力/排斥/重力等，但似乎没有。 bdemarest currentTime - difference中的答案和数字似乎确实解决了这个问题。奇怪的是，在新版本的igraph（coolexp，maxdelta，area，repulserad等）中已经弃用了几个看似有用的参数。

有没有人知道一种方法可以保持子图分离良好，同时展开密切节点，使它们不重叠？

question

Answer 1

我设法使用包qgraph让它工作。

这是一个有效的例子：

library(igraph)
library(qgraph)

g <- barabasi.game(355, directed=FALSE)

png("plot1.png", height=6, width=12, units="in", res=250)
par(mfrow=c(1, 3))

plot(g,layout=layout_with_fr,vertex.size=4,vertex.label=NA)
mtext("layout_with_fr", side=1)

e <- get.edgelist(g)
l <- qgraph.layout.fruchtermanreingold(e,vcount=vcount(g))
plot(g,layout=l,vertex.size=4,vertex.label=NA)
mtext("qgraph.layout.fruchtermanreingold default", side=1)

l <- qgraph.layout.fruchtermanreingold(e,vcount=vcount(g),
      area=8*(vcount(g)^2),repulse.rad=(vcount(g)^3.1))
plot(g,layout=l,vertex.size=4,vertex.label=NA)
mtext("qgraph.layout.fruchtermanreingold modified", side=1)

dev.off()