Matplotlib plot_surface transparency artefact

时间:2016-08-25 11:49:05

标签: python numpy matplotlib

我正在尝试从一组指定z值的数据中绘制3D表面。虽然我设置了alpha = 1.0,但是我得到了一些奇怪的透明效果,在那里我可以看到表面。

当绘图和保存到文件时(包括png和pdf),都会出现人工制品: enter image description here

我尝试更改线宽,并将步幅数从1更改为10(在后一种情况下,由于分辨率太粗糙,表面不可见)。

问:我如何摆脱这种透明度?

这是我的代码:

import sys
import numpy as np
import numpy.ma as ma
import matplotlib as mpl
import matplotlib.pyplot as plt
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D

y_label = r'x'
x_label = r'y'
z_label = r'z'

x_scale = 2.0*np.pi
y_scale = 2.0*np.pi

y_numPoints = 250
x_numPoints = 250

def quasiCrystal(x, y):
    z = 0
    for i in range(0,5):
        z += np.sin(x * np.cos(float(i)*np.pi/5.0) +
                    y * np.sin(float(i)*np.pi/5.0))
    return z

x = np.linspace(-x_scale, x_scale, x_numPoints)
y = np.linspace(-y_scale, y_scale, y_numPoints)
X,Y = np.meshgrid(x,y)

Z = quasiCrystal(X, Y)


f = plt.figure()
ax = f.gca(projection='3d')

surf = ax.plot_surface( X, Y, Z,
                        rstride=5, cstride=5,
                        cmap='seismic',
                        alpha=1,
                        linewidth=0,
                        antialiased=True,
                        vmin=np.min(Z),
                        vmax=np.max(Z)
                      )

ax.set_zlim3d(np.min(Z), np.max(Z))

f.colorbar(surf, label=z_label)

ax.set_xlabel(x_label)
ax.set_ylabel(y_label)
ax.set_zlabel(z_label)

plt.show()

以下是我的实际数据的另一张图片,其中更容易看到人工制品: enter image description here

2 个答案:

答案 0 :(得分:6)

Matplotlib不是一个“真正的”3D引擎。这是一个众所周知的问题,偶尔会出现与您类似的问题(请参阅thisthis)。问题是同样的人工制品可能会产生似乎不同的问题。我相信你就是这种情况。

在继续我的建议之前,我只需quote this information from the maplotlib website

  

我的3D绘图在某些视角看起来不正确

     

这可能是mplot3d最常报道的问题。问题是   从某些视角来看,3D物体会出现在前面   另一个对象,即使它在身体后面。这个可以   导致情节看起来“不正确”。

     

不幸的是,虽然正在做一些工作来减少事故的发生   这个神器,它目前是一个棘手的问题,不能   完全解决,直到matplotlib支持的3D图形渲染   的

     

由于3D数据减少到2D +而出现问题   z阶标量。单个值表示所有人的第三维   集合中3D对象的一部分。因此,当边界   两个集合的盒子相交,这就成了可能   工件发生。此外,两个3D对象的交集   (如多边形或补丁)无法正确渲染   matplotlib的2D渲染引擎。

     

在添加OpenGL支持之前,此问题可能无法解决   对所有后端(非常欢迎补丁)。在那之前,如果   您需要复杂的3D场景,我们建议您使用MayaVi

It seems that Mayavi has finally moved on to Python 3,所以它当然有可能。如果你想坚持matplotlib用于这种情节我的建议是你使用rstride和cstride值来看看哪些产生了令你满意的情节。

surf = ax.plot_surface( X, Y, Z,
                        rstride=5, cstride=5,
                        cmap='jet',
                        alpha=1,
                        linewidth=0,
                        antialiased=True,
                        vmin=0,
                        rstride=10,
                        cstride=10,
                        vmax=z_scale
                      )

其他可能性是尝试查看其他类型的3D图表是否做得更好。查看plot_trisurfcontourcontourf。我知道它不理想,但在过去我也设法circumvent other type of artefacts using 3D polygons

很抱歉没有更满意的答案。也许其他SO用户有更好的解决方案。祝你好运。

答案 1 :(得分:4)

我遇到了一些类似的问题,发现它们是抗锯齿工件,可以通过在antialiased=False中设置plot_surface来解决。