使用两个矩阵之间的成对样本之间的cor计算Spearman相关Rho

Question

我在尝试运行cor.test时遇到了一些问题，基于两个OTU表（基本上是一个丰度矩阵）。

我有一个包含8个不同采样点（第1列到第44列）的表格，对于每个采样点，我测量了一个变量（VARIABLE1，第一行）和一系列物种（行上的OTU）的存在。在这里，您可以看到下面这些OTU表的示例：

样本1 - 8是列

#OTUID  1   2   3   4   5   6   7   8
OTU1    0   0   0   0   0   3   0   0
OTU2    0   0   0   0   0   0   13  0
OTU3    5   99  0   0   0   0   0   0
OTU4    0   0   0   0   0   0   0   0
OTU5    0   0   0   0   0   0   0   2
OTU6    0   0   19  0   9   236 59  2
OTU7    0   55  0   2   4   2   3   0
OTU8    0   44  10  5   0   0   7   0
OTU9    6   0   13  2   0   0   17  6
OTU10   0   100 0   0   0   3   0   0
OTU11   4   13  0   0   2   1   2   0
OTU12   0   0   0   0   0   101 1   0

我有两个以.biom格式表的表。我想计算成对样本之间的spearman相关系数（R）（例如sample1（OTU表1）vs sample1（OTU表2）; sample2（OTU表1）vs sample2（OTU表2）等....等等对于每个OTU。我有大约100个样本和4000个OTU的丰度数据。因此，我想计算4000个OTU中每一个的44对数据的相关系数。所以基本上只是每个样本关联一个~4k长的矢量。

最后，我将取每个样本的4k长向量的相关性的平均值，并在散点图上绘制这些平均值。

请记住，我的所有丰富数据都采用此.biom格式！我已将它全部转换为.txt，以便更容易操作。

再次感谢!!

这看起来像below的示例：

以下是一些示例数据：

OTU表1： https://1drv.ms/u/s!Ah_Q0DzXKdX-gZUl8SCetQdYE8S3CA

OTU表2： https://1drv.ms/u/s!Ah_Q0DzXKdX-gZUnaIwEIJiYMnrQIA