Question

我喜欢让我的R套餐保持最新状态，在开发我自己的套餐时，我想坚持@Hadley的advice：

通常，最好指定版本并保守所需的版本。除非您另有说明，否则始终要求的版本大于或等于您当前使用的版本。

所以，我在[{1}}：

中需要其中一些

DESCRIPTION

是否有现有工具根据我当前安装的软件包以编程方式更新依赖项版本？

我知道这是一件小事我可以手动完成，但我知道这是一件容易被遗忘的事情。

使用本地安装的软件包版本作为最小依赖项似乎也有意义，因为我使用这些依赖项测试/构建。

我不应该这样做吗？

Answer 1

这个shid做你要求的（好吧，你仍然需要将输出剪切/粘贴到DESCRIPTION： - ）

#' Add curent version string to package dependencies
#'
#' Will \code{cat} out a cut/paste-able set of fields for a
#' \code{DESCRIPTION} file with minimum required versions for
#' each package based upon currently available package vesions
#' in CRAN.
#'
#' @param pkg package description, can be path or package name
#' @param fields fields to get & report dependencies for
#' @note R and the R version is NOT added to \code{Depends}
#' @examples
#' add_pkg_versions("qmethod")
#' add_pkg_versions("MASS")
#' \dontrun { # assumes you're in a pkg devel dir
#' add_pkg_versions()
#' }
add_pkg_versions <- function(pkg=".",
                             fields=c("Depends", "Imports", "LinkingTo", "Suggests")) {

  require(purrr)
  walk(c("dplyr", "tools", "stringi", "devtools"), require, character.only=TRUE)

  stopifnot(is_scalar_character(pkg), pkg != "")
  fields <- match.arg(fields, c("Depends", "Imports", "LinkingTo", "Suggests"),
                      several.ok=TRUE)

  avail <- as_data_frame(available.packages())

  if (pkg == ".") {
    pkg_deps <- unclass(as_data_frame(read.dcf(file.path(package_file(), "DESCRIPTION"))))
    pkg <- pkg_deps$Package
    map(fields, ~stri_split_lines(pkg_deps[[.]])) %>%
      map(function(x) {
        if (length(x) > 0) {
          unlist(x) %>%
            stri_replace_all_regex(" \\(.*$|,", "") %>%
            discard(`%in%`, c("", "R"))
        } else { x }
      }) -> pkg_deps
    names(pkg_deps) <- fields
  } else {
    pkg_deps <- map(fields, ~flatten_chr((package_dependencies(pkg,  which=.))))
    names(pkg_deps) <- fields
  }

  pkg_deps <- discard(pkg_deps, function(x) {length(x)==0})

  map(pkg_deps, function(x) {

    non_base <- filter(avail, Package %in% x)
    base <- setdiff(x, non_base$Package)

    non_base %>%
      mutate(pv=sprintf("%s (>= %s)", Package, Version)) %>%
      select(pv) %>%
      flatten_chr() -> pkg_plus_version

    sort(c(pkg_plus_version, base))

  }) -> pkg_deps

  cat("Package: ", pkg, "\n", sep="")
  walk(names(pkg_deps), function(x) {

    cat(x, ":\n", sep="")
    sprintf("    %s", pkg_deps[[x]]) %>%
      paste0(collapse=",\n") %>%
      cat()
    cat("\n")

  })

}

你的一个包裹：

add_pkg_versions("qmethod")

Package: qmethod
Imports:
    digest (>= 0.6.10),
    GPArotation (>= 2014.11-1),
    knitr (>= 1.13),
    methods,
    psych (>= 1.6.6),
    tools,
    xtable (>= 1.8-2)

只是为了显示处理边缘案例：

add_pkg_versions("MASS")

Package: MASS
Depends:
    graphics,
    grDevices,
    stats,
    utils
Imports:
    methods
Suggests:
    lattice (>= 0.20-33),
    nlme (>= 3.1-128),
    nnet (>= 7.3-12),
    survival (>= 2.39-5)

Answer 2

另一个选项是使用 usethis 包，尽管这实际上会立即覆盖描述文件，所以不确定是否总是需要

# use overwrite = TRUE to update dependencies with version numbers
usethis::use_latest_dependencies(overwrite = TRUE, source = "CRAN")

如何自动添加/更新DESCRIPTION中的Depends / Imports / Suggests版本？

2 个答案: