Question

我使用从多个grib2文件创建的xarray数据集来处理分段错误。写入netcdf以及写入数据帧时会发生错误。对于出了什么问题的任何建议都表示赞赏。

files = os.listdir(download_dir)

文件示例（来自http://dd.weather.gc.ca/model_hrdps/west/grib2/00/000/） 'CMC_hrdps_west_RH_TGL_2_ps2.5km_2016072800_P015-00.grib2'，... 'CMC_hrdps_west_TMP_TGL_2_ps2.5km_2016072800_P011-00.grib2'

# import and combine all grib2 files
ds = xr.open_mfdataset(files,concat_dim='time',engine='pynio')

<xarray.Dataset>
Dimensions:    (time: 48, xgrid_0: 685, ygrid_0: 485)
Coordinates:
    gridlat_0  (ygrid_0, xgrid_0) float32 44.6896 44.6956 44.7015 44.7075 ...
  * ygrid_0    (ygrid_0) int64 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 ...
  * xgrid_0    (xgrid_0) int64 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 ...
  * time       (time) datetime64[ns] 2016-07-28T01:00:00 2016-07-28T02:00:00 ...
    gridlon_0  (ygrid_0, xgrid_0) float32 -129.906 -129.879 -129.851 ...
Data variables:
    u          (time, ygrid_0, xgrid_0) float64 nan nan nan nan nan nan nan ...
    gridrot_0  (time, ygrid_0, xgrid_0) float32 nan nan nan nan nan nan nan ...
    Qli        (time, ygrid_0, xgrid_0) float64 nan nan nan nan nan nan nan ...
    Qsi        (time, ygrid_0, xgrid_0) float64 nan nan nan nan nan nan nan ...
    p          (time, ygrid_0, xgrid_0) float64 nan nan nan nan nan nan nan ...
    rh         (time, ygrid_0, xgrid_0) float64 nan nan nan nan nan nan nan ...
    press      (time, ygrid_0, xgrid_0) float64 nan nan nan nan nan nan nan ...
    t          (time, ygrid_0, xgrid_0) float64 nan nan nan nan nan nan nan ...
    vw_dir     (time, ygrid_0, xgrid_0) float64 nan nan nan nan nan nan nan ...

写出netcdf

ds.to_netcdf('test.nc')

分段错误（核心转储）

Answer 1

~~PyNIO在多线程方面表现不佳。尝试将lock=True添加到open_mfdataset（默认情况下我们应该设置此项）。~~

尝试将proprocess=lambda x: x.load()添加到open_mfdataset来电。这将确保在处理下一个数据集之前将每个数据集完全加载到内存中。

分段错误将xarray datset写入netcdf或dataframe

1 个答案: