具有100个记录的HeatMap和Dendogram

Question

我试图用100行来绘制热图和树形图，但我发现图表看起来非常拥挤，树形图和名称重叠。

nba <- read.csv("http://datasets.flowingdata.com/ppg2008.csv", sep=",")

dat<-rbind(nba,nba,nba)

nba_matrix <- data.matrix(dat)

nba_heatmap <- heatmap(nba_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, col=cm.colors(256),
                       scale="column", margins=c(5,10))

有没有办法拉伸情节的尺寸以使它看起来更好？

Answer 1

如果您还没有，则应将其写入文件。似乎热图会发出一个你无法控制比例的图像（它总是正方形）。所以你需要让你的画布大到适合你想要的东西！

对于数百行，您需要使画布非常大，以避免文本重叠。

将其发送至pdf：

pdf("~/test.pdf", height=20, width=20)
heatmap(nba_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, col = cm.colors(256),
        scale="column", margins=c(5,10))
dev.off()

使用height和width参数进行游戏，看起来就像你想要的那样。另请参阅png和相关的图形驱动程序。

nb：运行dev.off()来关闭图形设备非常重要。否则文件写入不会完成，后续图形也将被发送到文件。

Answer 2

我也遇到了这个问题，并使用以下代码解决了该问题：

fontsize = (10 - nrow(m))/15+1 #plus one to avoid having no font size
if (fontsize <=6){fontsize=6}
pheatmap(m, height=50, width=25, border_color = NA, fontsize_row=fontsize #of heatmp

这对我有用，但限制为几百个项目。如果您有更大的数据，则需要更改height和width参数，或者使用类似的函数基于nrow（m）或ncol（m）来更改高度和宽度。

或者，如果您想快速攻克，则可以使用heatmaply软件包，该软件包会生成很棒的html热图。在浏览器中打开html文件，然后通过在浏览器中放大或缩小（Ctrl +和Ctrl-），可以轻松更改标签大小，然后单击“导出为png”按钮。