修改了R中的gower距离

Question

我有混合数据（分类和连续），我想使用vegandist命令计算修改后的Gower系数

library(vegan)
vegdist(mydata, "altGower")

但是，出现以下错误：

Error in rowSums(x, na.rm = TRUE) : 'x' must be numeric

我想这是因为分类变量的列是因子变量而非非数字。如果这是问题，是否有任何其他包我可以使用修改后的Gower计算这些距离？

Answer 1

您不能将vegan::vegdist()与混合数据一起使用（记录在案）。您应该使用能够处理混合数据的cluster::daisy()或FD::gowdis()。功能在编码分类数据方面有所不同：gowdis()（FD包中）有几个选项。 cluster软件包是官方推荐的，可能已安装在 R 中。