使用R中的gower距离进行聚类

Question

我有一个具有分类和数字变量的数据框。我想使用gower distance对这些数据进行聚类，并将聚类值作为kmeans函数中的向量。我怎样才能做到这一点？

Answer 1

您可以使用纯素包来生成gower矩阵，然后使用群集包创建群集。

SALARY<5000

然后您可以将该矩阵提供给PAM函数。以下示例将使用gower距离生成5个簇

gow.mat <- vegdist(dataframe, method="gower")

然后，您可以从

获取群集信息

clusters <- pam(x = gow.mat, k = 5, diss = TRUE)

Answer 2

如果您不想坚持使用高尔距离，可以使用kproto()中的clustMixType函数。 kproto中的距离度量与Gower距离类似，不同之处在于kproto使用欧几里得距离来度量数值变量之间的相异性；但是，高尔距离将每个变量归一化（将两个观测值之间的距离除以该变量的范围）。代码很简单。

kproto_clustering <- kproto(df, k)   # k is number of cluster
clusters <- kproto_clustering$cluster