Question

如何使用c ++快速转换bitarray？每个实际的比特阵列都有750,000比特。

示例1：

bitarray: 01011111
set: {0,1,2,3,4,5,7}
or set: {1,3,4,5,6,7}

示例2：

bitarray: 0101 1111 0001 0001
set: {0,4,8,9,10,11,12,14}
or set: {1,3,4,5,6,7,11,15}

该集合是一个由32位整数组成的数组（uint32_t）。这两种方法都是可以接受的。

bitarray在内存中是连续的。比特阵的第一位对于simd具有正确的对齐。现在我使用带有std :: vector的自定义内存分配器来保存bitarray。在bitarray中每1位存储器中有1位。

感谢。

更新

this so question does the reverse

loop through bits in c

How to define and work with an array of bits in C?

gmpy使用gmp library的scan1函数。 scan1似乎找到了第一个设置，就像维基百科here

一样

Answer 1

如果我理解你的问题：

for (int i = 0; i < 750000; ++i) {
    if (bitarray_has(bitarray, i)) {
        set_of_numbers.push_back(i);
    }
}

我不相信步行bitarray会特别慢，但如果您知道将创建多少元素，push_back()可以更快。然后，您可以使用reserve()预分配内存。

Answer 2

代码：

df <-
  data.frame(
    Name = LETTERS[1:5]
    , ID = factor(formatC(c(1,4,4,6,7), width = 3, flag = "0")
                  , levels = formatC(1:7, width = 3, flag = "0") )
  )

table(df)

结果（使用icc -O3 code.cpp -lrt编译）

#include <iostream>
#include <vector>
#include <time.h>

using namespace std;

template <typename T>
uint32_t bitarray2set(T& v, uint32_t * ptr_set){
    uint32_t i;
    uint32_t base = 0;
    uint32_t * ptr_set_new = ptr_set;
    uint32_t size = v.capacity();
    for(i = 0; i < size; i++){
        find_set_bit(v[i], ptr_set_new, base);
        base += 8*sizeof(uint32_t);
    }
    return (ptr_set_new - ptr_set);
}

inline void find_set_bit(uint32_t n, uint32_t*& ptr_set, uint32_t base){
    // Find the set bits in a uint32_t
    int k = base;
    while(n){
        if (n & 1){
            *(ptr_set) = k;
            ptr_set++;
        }
        n = n >> 1;
        k++;
    }
}

template <typename T>
void rand_vector(T& v){
    srand(time(NULL));
    int i;
    int size = v.capacity();
    for (i=0;i<size;i++){
        v[i] = rand();
    }
}

template <typename T>
void print_vector(T& v, int size_in = 0){
    int i;

    int size;
    if (size_in == 0){
        size = v.capacity();
    } else {
        size = size_in;
    }
    for (i=0;i<size;i++){
        cout << v[i] << ' ';
    }
    cout << endl;
}

int main(void){
    const int test_size = 6000;
    vector<uint32_t> vec(test_size);
    vector<uint32_t> set(test_size*sizeof(uint32_t)*8);
    rand_vector(vec);
    //for (int i; i < 64; i++) vec[i] = -1;
    //cout << "input" << endl;
    print_vector(vec);
    //cout << "calculate result" << endl;

    int i;
    int rep = 10000;
    uint32_t res_size;

    struct timespec tp_start, tp_end;
    clock_gettime(CLOCK_MONOTONIC, &tp_start);
    for (i=0;i<rep;i++){
        res_size = bitarray2set(vec, set.data());
    }
    clock_gettime(CLOCK_MONOTONIC, &tp_end);
    double timing;
    const double nano = 0.000000001;

    timing = ((double)(tp_end.tv_sec  - tp_start.tv_sec )
           + (tp_end.tv_nsec - tp_start.tv_nsec) * nano) /(rep);

    cout << "timing per cycle: " << timing << endl;
    cout << "print result" << endl;
    //print_vector(set, res_size);
}

0.0008秒将768000位转换为设置。但是每个周期至少有10,000个768,000位的数组。这是每个周期8秒。那很慢。

将bitarray转换为set

2 个答案: