Question

我有一个数据框，其中包含来自对照组和实验组的观察结果，并为每个受试者提供重复：以下是我的数据框示例：

subject  group    replicate value
  A     control      1       10
  A     control      2       15
  A     experim      1       40
  A     experim      2       45
  B     control      1       5
  B     experim      1       30
  C     control      1       50
  C     experim      1       NA

我想将每个对照观察与其对应的实验对配对，以计算配对值之间的比率。所需的输出：

subject  replicate  control   experim  ratio
  A         1         10        40       4
  A         2         15        45       3
  B         1          5        30       6
  C         1         50        NA       NA

请注意，受试者的重复次数可能不同（A有两个重复，B只有一个，C有一个缺失值）。理想情况下，我希望看到使用dplyr和管道实现这一点。

Answer 1

我们可以使用dcast中的data.table转换为＆＃39;范围＆＃39;格式，然后创建＆＃39;比率＆＃39;通过划分＆＃39;实践＆＃39;与＆＃39;控制＆＃39;

library(data.table)
dcast(setDT(df1), subject+replicate~group, value.var="value")[,
            ratio:= experim/control][]
#     subject replicate control experim ratio
#1:       A         1      10      40     4
#2:       A         2      15      45     3
#3:       B         1       5      30     6
#4:       C         1      50      NA    NA

或者使用spread中的tidyr转换为＆＃39;范围＆＃39;格式，然后创建＆＃39;比率＆＃39;与mutate。

library(dplyr)
library(tidyr)
spread(df1, group, value) %>% 
        mutate(ratio = experim/control)
#    subject replicate control experim ratio
#1       A         1      10      40     4
#2       A         2      15      45     3
#3       B         1       5      30     6
#4       C         1      50      NA    NA

或使用reshape

中的base R

transform(reshape(df1, idvar = c("subject", "replicate"), 
   timevar="group", direction="wide"), ratio = value.experim/value.control)

如何将R中数据框中的行与dplyr配对？

1 个答案: