R程序在序列中定位模式

Question

我对R有疑问，我习惯使用str_locate_all（seq，pattern）语法来定位序列中的各种模式。现在我想计算每个模式可以有人帮助我如何计算序列中的每个模式重复？

Answer 1

只需使用sapply来计算rows

输出中str_locate_all的数量

s <- "AATTGGCCATGCATGC"
patterN <- c("ATGC", "CATG")

library(stringr)
setNames(sapply(str_locate_all(s, patterN), nrow), patterN)

ATGC CATG 
   2    2

或者您可以使用str_count

setNames(str_count(s, patterN), patterN)