Question

我有一个数据框，其中一些行有空白条目，例如使用玩具示例

Sample Gene RS Chromosome
1      A    rs1 10
2      B        X
3      C    rs4 Y

即。样本2没有rs＃。如果我尝试使用以下方法将此数据框保存在文件中

write.table(mydata,file="myfile",quote=FALSE,sep='\t')

然后read.table('myfile',header=TRUE,sep='\t')，我收到错误，指出第2行中的条目数没有4个元素。如果我设置quote=TRUE，则表中会显示""条目。我正在尝试找出一种使用write.table和quote=FALSE创建表格的方法，同时为缺少条目的行保留空白占位符，例如2.

有一种简单的方法吗？我试图在NA=""中使用参数write.table()，但这并没有改变任何内容。

Answer 1

如果我的脚本数据框的结果有NA我总是替换它，一种方法是用数据框中的NA替换一些其他文本，告诉你这个条目在数据框中是NA - 特别是如果要将结果保存在csv /数据库或某些非-EN env

中

一个简单的脚本

replace_NA <- function(x,replacement="N/A"){
  x[is.na(x)==T]  <- replacement

}

sapply(df,replace_NA,replacement ="N/A" )

Answer 2

您正在尝试重新发明固定宽度的文件格式。您请求的格式在每个实列之间都有一个空白列。虽然'utils'包有write.fwf，但我找不到read.fwf。获取请求输出的最简单方法是：

 capture.output(dat, file='test.dat')
# Result in a text file

  Sample Gene  RS Chromosome
1      1    A rs1         10
2      2    B              X
3      3    C rs4          Y

这主要使用print方法（在R REPL的末尾）为数据帧为你做间距。

使用R中的write.table处理空白/缺失数据

2 个答案: