如何管道两个输出文件到bgzip呢？

Question

我正在运行一个生成两个输出文件的命令，这两个文件非常大，我想将输出管道化为bgzipped，而不是在写入后在输出上运行bgzip。

这些是我目前的命令：

samtools sort -n --threads 16  -l 0 $file --reference $ref.fa | samtools fastq  - -1 $file_1.fastq -2 $file_2.fastq
bgzip $file_1.fastq
bgzip $file_2.fastq

是否可以在一个命令中完成所有这些操作？

谢谢！

Answer 1

想出来！

samtools sort -n --threads 16  -l 0 $file --reference $ref.fa | samtools fastq - -1 >(pigz -p 12 > $file_1.fastq.gz) -2 >(pigz -p 12 > $file_2.fastq.gz)

Answer 2

那些＆＃34; -1＆＃34;和＆＃34; -2＆＃34;旗帜是什么意思？

如果他们的意思是＆＃34;将stdout重定向到FILE＆＃34;并且＆＃34;将stderr重定向到FILE＆＃34;，然后就可以这样：

（（YOUR_COMMAND）| bzip＆gt; $ file_1.fastq.bz）2＆gt; 1 | bzip＆gt; $ file_2.fastq.bz

YOUR_COMMAND与你正在做的事情相同，只是没有-1和-2。这里的想法是将stdout发送到一个管道并将stderr发送到另一个管道。是的，它有点摇摇晃晃。 （如果您之前在管道中报告了错误，它将显示在文件2中。）

如果那不是-1和-2的意思，那么......我不知道任何技巧。