使用skbio从压缩的FASTA bz2文件中读取

Question

是否可以从压缩文件中读取（例如，FASTA bz2）？我通常使用skbio.sequence.Sequence.read，但在那里看不到这个选项。

谢谢！

Answer 1

可以这样做：

import skbio
seq = skbio.io.read("seqs.fna.bz2", format='fasta', compression='bz2', into=skbio.DNA)

我正在使用scikit-bio 0.5.0，但这也应该适用于早期版本。虽然我明确定义了压缩类型，但这通常不是必需的。

相关文档为here和here。