Question

问题

我在我的算法中使用了一个邻接矩阵，只要我测试了一个小矩阵（3000）点就可以正常工作。但我的实际问题包括167620点，我想为该问题创建一个邻接矩阵。但显然由于长度我得到以下问题：

Requested 167620x167620 (209.3GB) array exceeds maximum array size preference. Creation of arrays greater than this limit may take a
long time and cause MATLAB to become unresponsive.

我使用以下代码：

adjMat = zeros(size(NB_list_all,1));                      
for ind = 1:size(NB_list_all,1)
        adjMat(ind, nonzeros(NB_list_all(ind,2:end))) = 1; 
end
adjMatS=sparse(adjMat);                                    
G=digraph(adjMatS);                                        
E=table2array(G.Edges);

如你所见，我基本上需要边缘列表。

问题

因此问题：有没有办法直接计算稀疏邻接矩阵，还是有一种不同的方法从邻接列表中获取边缘列表？我的NB_list_all包含第1列中的点和第2-5列中的邻居？

修改

我的NB_list_all是以下形式的附带列表：

第一列是点，而第2列：第5列是与它相邻的点的位置。如果没有邻居则为0。我想要创建边缘列表的矩阵是167620x5。我在使用matlab的E=table2array(G.Edges);图形函数之前创建了边缘列表。现在我基本上有两个问题：

如何直接从此邻接列表创建稀疏邻接矩阵？
是否有更简单的方法为这种邻接列表创建边缘列表？非常感谢！

Answer 1

如果您知道所有索引和值以及矩阵的结束大小，则可以使用

创建稀疏矩阵

adjMat = sparse(indexi,indexj,value,size1,size2);

一气呵成。实际上，这是创建稀疏矩阵的优先方式。

示例：

您需要以下矩阵：

  0 1 1
  1 0 0
  0 0 1

你会把它建成：

sparse([1 1 2 3], [2 3 1 3],[1 1 1 1],3,3)

以你给出的例子：

NB_list_all=[
1   2   0
2   3   1
3   4   2
4   5   3
5   6   4
6   7   5
7   8   6
8   9   7
9   0   8];


% if the first index contains all numbers we can safely do this
% this is almost indexJ, but we have some zeroes that we dont like
indexJ=NB_list_all(:,2:end); 

% create indexI
indexI=repmat(1:size(indexJ,1),size(indexJ,2),1).';

% lets unroll the matrices
indexI=indexI(:);
indexJ=indexJ(:);
% lets remove the indexI and NB_list_all that have a zero somewhere, because those are not real
notzero=find(indexJ);
indexI=indexI(notzero);
indexJ=indexJ(notzero);

adjMat=sparse(indexI,indexJ,1,size(NB_list_all,1),size(NB_list_all,1));

直接创建稀疏邻接矩阵 - （矩阵超过最大数组大小首选项）

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