Question

我想在我的Gibbs采样中使用自适应大都会拒绝采样（AMRS）。我可以直接使用R中的包HI并使用该算法。但是，由于我有太多参数，因此在R中的循环中逐个采样相当慢。所以我正在考虑在Rcpp中编写整个采样部分。问题是如何在Rcpp中使用AMRS功能。一种选择是找到一种在Rcpp中使用R函数的方法，但它会很慢。然后我在页面中找到了原始的C代码

[1]：AMRS http://www1.maths.leeds.ac.uk/~wally.gilks/adaptive.rejection/web_page/Welcome.html

所以问题就变成了如何将C代码与Rcpp集成。当我在搜索“在C ++中调用C”时，这些都是先编译C，然后是C ++，然后是链接。但是我不知道如何在Rcpp中这样做，因为编译发生在我使用SourceCpp时。任何人都可以给我一些建议如何实现？

Answer 1

查看HI如何实施C code in their package。

具体来说，您应该实现自己的版本：

SEXP arms(SEXP bounds, SEXP myldens, SEXP yprev, SEXP size, SEXP rho);

这在https://github.com/cran/HI/blob/master/src/arms-R.c#L86-L172

中给出

在这种情况下，您应该选择将SEXP对象替换为适当的Rcpp数据类型：

/* bounds      : boundaries of the support of the density */
/* myldens     : R function to evaluate log density */
/* yprev       : previous value from markov chain */
/* size        : number of sampled values to be obtained */
/* rho         : R environment in which the logdensity is evaluated */

注意：实施应该是基于包的，而不是使用sourceCpp()

链接Rcpp与自适应大都市拒绝采样的C代码

1 个答案: