访问csr_matrix的所有非零条目

时间:2016-06-02 17:24:56

标签: python scipy sparse-matrix

我有一个稀疏矩阵:

from scipy.sparse import csr_matrix
M=csr_matrix((5,5))
M[2,3]=4

我想迭代所有非零条目,例如:

for x,y,v in M.non_zero_entries:
   do_something()

我尝试理解M.dataM.indicesM.indptr的价值

现在,在上面的示例中:

print (M.data) #outputs [4]
print (M.indices) #outputs [3]
print (M.indptr) #outputs [0,0,0,1,1,1]

如何从中提取非零记录?

2 个答案:

答案 0 :(得分:4)

您可以使用M.tocoo()返回"坐标格式"矩阵的版本,其中包含您在"显而易见的"中使用的向量datarowcol。方式。

或者你可以手工完成。这样的事情(警告:只测试了一个例子,我没有考虑效率):

def csr_entries(M):
    """Generator of tuples (i,j,x) of sparse matrix entries
    meaning that M[i,j]=x."""
    for row in range(len(M.indptr)-1):
        i,j = M.indptr[row],M.indptr[row+1]
        for k in range(i,j):
            yield (row, M.indices[k], M.data[k])

答案 1 :(得分:1)

您正在寻找的是nonzero方法:

  

csr_matrix.nonzero()

     

返回一个数组(行,列)的元组,其中包含   矩阵的非零元素。

所以您的循环将是这样的:

for row, col in zip(*M.nonzero()):
    val = M[row, col]
    # do something
    print((row, col), val)