Question

我有一个.bam文件，我想将其导入R.后来，我希望能够在R中导入几个（150+）大文件并处理它们。从库中导入的实验数据可以工作，但不能从我的D:/ drive中获取我自己的数据集。

我尝试使用包Rsamtools并使用以下命令：

> filename <- "1658_AR_hisat2_sorted.bam" #Change filename as necessary
> (bf <- BamFile(filename))

生成以下输出：

class: BamFile

path: 1658_AR_hisat2_sorted.bam

isOpen: FALSE 

yieldSize: NA 

obeyQname: FALSE 

asMates: FALSE 

qnamePrefixEnd: NA 

qnameSuffixStart: NA

但是当我跑的时候：

> bam <- scanBam(bf, param=param)

值[3L]出错：无法打开BamFile：文件不存在：＆＃39; 1658_AR_hisat2_sorted.bam＆＃39;

为什么文件不存在？可能是文件太大了？

Answer 1

试试这个

bam <- scanBam(BamFile(file.choose() ),
               param=param)

并选择您的文件

# list of .bam
dat_bam <- list.files(path = ".", pattern = ".bam", all.files = FALSE,
           full.names = FALSE, recursive = FALSE,
           ignore.case = FALSE, include.dirs = FALSE, no.. = FALSE)
# import all
list_bam <- lapply ( dat_bam , scanBam )

在R中导入（非库）.bam文件

1 个答案: