rJava配置错误:一个或多个JNI类型与相应的本机类型不同

时间:2016-05-28 15:03:49

标签: java r macos rjava

先验我的问题可能看起来基于标题重复,但我在类似问题中尝试了所有答案,但我没有设法解决问题。

我在{10}上的Mac上,R version 3.2.4 (2016-03-16)

我的java版本:

$ java -version
java version "1.8.0_91"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_91-b14)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.91-b14, mixed mode)

.bash_profile我会找到:

# Java
export JAVA_HOME="`/usr/libexec/java_home -v 1.8`"

这样:

echo $JAVA_HOME
/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_91.jdk/Contents/Home

问题

尝试使用coreNLPxlsx我收到以下错误消息:

> initCoreNLP()
JavaVM: requested Java version ((null)) not available. Using Java at "" instead.
JavaVM: Failed to load JVM: /bundle/Libraries/libserver.dylib
JavaVM FATAL: Failed to load the jvm library.
Error in rJava::.jinit() : JNI_GetCreatedJavaVMs returned -1

> require(xlsx)
Loading required package: xlsx
Loading required package: xlsxjars
JavaVM: requested Java version ((null)) not available. Using Java at "" instead.
JavaVM: Failed to load JVM: /bundle/Libraries/libserver.dylib
JavaVM FATAL: Failed to load the jvm library.
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'xlsx', details:
  call: .jinit()
  error: JNI_GetCreatedJavaVMs returned -1

FIX ATTEMPT

1基于我所读的here我做了:

$sudo R CMD javareconf
....
....
JAVA_HOME        : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_91.jdk/Contents/Home/jre
Java library path: $(JAVA_HOME)/lib/server
JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/darwin
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm
Updating Java configuration in /Library/Frameworks/R.framework/Resources
Done.

然后我尝试使用两者安装它:

install.packages("rJava",type='source')

并从here

下载rJava
 R CMD INSTALL rJava_0.9-9.tar.gz

两人回来了:

checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.

2-根据我的阅读here我将此行添加到我的.bash_profile

export LD_LIBRARY_PATH=$JAVA_HOME/jre/lib:$JAVA_HOME/jre/lib/server

其中:

$ls /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_91.jdk/Contents/Home/jre/lib/server/
Xusage.txt    libjsig.dylib libjvm.dylib

但它也没有用,仍然是完全相同的错误。

3-我也尝试过简单的simlink:

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

再次没有奏效。

在这个阶段,我唯一可以尝试的是基于this。他们建议下载jre-XXX-macosx-x64.tar.gz并替换现有jre目录,如帖子中所述。

然而,在"跳跃"之前要做到这一点,我想知道是否有人遇到或遇到类似配置相同的问题,并设法解决它。 感谢

更新

我通过删除行解决了这个问题:

 export JAVA_HOME="`/usr/libexec/java_home -v 1.8`" 

来自.bash_profile

不知道为什么,但有效。

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