Question

我在R3.0.1上安装rJava时遇到了这个问题： “configure：error：一个或多个JNI类型与相应的本机类型不同”

详细信息如下。我搜索了类似的问题，但我的问题有点棘手，许多提议的解决方案要么无法工作，要么我无法尝试，因为我正在服务器上，我没有对系统库的写访问权。

操作系统：Linux 2.6.18-348.6.1.el5＃1 SMP Tue May 21 15:44:27 EDT 2013 x86_64 x86_64 x86_64 GNU / Linux（输入信息“uname -a” “对不起，我不太明白这个信息。”

R ：R3.0.1，我下载了源代码，放入了我的主目录，并从源代码构建了R。

rJava ：我在安装过程中运行了'install.packages（“rJava”）'：

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检查R ...中的Java支持：译员：'/ usr / bin / java'
archiver：'/ usr / bin / jar'
编译器：'/ usr / bin / javac'
标题准备：'/ usr / bin / javah'
cpp标志：' - I / usr / lib / jvm / java-1.7.0-openjdk-1.7.0.9.x86_64 / jre /../ include -
I / usr / lib中/ JVM / java的1.7.0-的openjdk-1.7.0.9.x86_64 / JRE /../包括/ Linux的
java libs：' - L / usr / lib / jvm / java-1.7.0-openjdk-1.7.0.9.x86_64 / jre / lib / amd64 / se
rver -ljvm'
检查是否可以编译JNI程序......是的
检查JNI数据类型... configure：错误：一个或多个JNI类型与相应的本机类型不同。您可能需要使用非标准编译器标志或一个不同的编译器，以解决这个问题。
错误：包“rJava”的配置失败
*删除'/home/me/R-3.0.1/library/rJava'

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由于我只能远程访问服务器，因此我无法对主目录/ home / me以外的任何内容进行写访问。

任何信息都将受到高度赞赏！

Answer 1

我在R版3.0.2中尝试install.packages("rJava")时遇到了同样的问题，只要我尝试以普通用户身份安装（Linux，Debian）。以root身份运行install.packages("rJava")没有问题。然后，尝试library(rJava)为root工作但不是我作为用户：

Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/usr/usr.local.original.Debian/lib/R/site-library/rJava/libs/rJava.so':
  libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory

添加环境变量JAVA_HOME和LD_LIBRARY_PATH所需的此问题到~/.login（按照Trouble in Setting Java Environment Path on Ubuntu (libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory)上的说明操作）：

setenv JAVA_HOME /usr/lib/jvm/java-7-oracle/
setenv LD_LIBRARY_PATH $JAVA_HOME/jre/lib/amd64:$JAVA_HOME/jre/lib/amd64/server

# For c-shell; for bash, it would have to be:
export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-7-oracle/
export LD_LIBRARY_PATH=$JAVA_HOME/jre/lib/amd64:$JAVA_HOME/jre/lib/amd64/server

所以，你必须让系统管理员为你安装rJava，然后设置你的环境变量，当然，在R中设置你自己的.libPaths()，以便找到rJava。

Answer 2

我在Mac OSx El Capitan上遇到了同样的问题。我尝试使用“R CMD javareconf”更新R使用的java路径/ envs，没有任何效果。

最后，我看到当我运行“R CMD javareconf”我的Java库路径时：在输出中是空的。通过进一步深入挖掘，我发现我的JAVA_HOME设置不正确https://stackoverflow.com/a/3311983。我不得不在JAVA_HOME路径中添加额外的/ jre。

Answer 3

使用linux，特别是64位Gentoo，我的解决方案是将以下行添加到 /etc/env.d/20java-config

LD_LIBRARY_PATH="/etc/java-config-2/current-system-vm/jre/lib/amd64:/etc/java-config-2/current-system-vm/jre/lib/amd64/server"

然后

运行 env-update
来源/ etc / profile
启动 rstudio （或者如果您使用的是GUI菜单，请注销并登录以加载环境）

上述更改需要由root进行，但随后将适用于下次登录时使用相同系统的非root用户。

基本上，rJava conf测试未能找到libjvm.so，conftest程序会编译但不能链接：）

install rJava - “configure：error：一个或多个JNI类型与相应的本机类型不同”

3 个答案: