.csv到.edf或其他脑电图阅读格式

时间:2016-05-23 12:18:25

标签: python azure csv data-conversion mne-python

我使用名为Gtec.NAUTILUS的EEG检测试剂盒,它为500hz的32个通道提供二进制数据。然后将数据转换为CSV格式。现在我想使用python 3.5.1在Microsoft Azure中处理这些数据,但是在MNE库(用于EEG数据分析)中无法识别CSV文件。 MNE还支持其他格式。 (.cnt,.edf,.bdf,.egi,.set) 其他信息@:http://martinos.org/mne/stable/manual/io.html#ch-convert

我的主要问题是; - 我怎么能把csv文件转换成支持的格式之一?

Additionaly; - 如何将二进制文件转换为mne中支持的格式之一? (如果以前的问题不可能)

也; - 有人有处理EEG数据的经验吗?数据处理时我是否犯了一个重要的错误?

注意:我在MATLAB中执行此过程用于EEG数据分析,但似乎microsoft azure不支持它。因此,我试图学习python的兼容性。

提前致谢。

对于那些感兴趣的人:

来自第三方开发者的免费程序: http://www.biosemi.com/download.htm

2 个答案:

答案 0 :(得分:3)

MNE不支持从开箱即用的Gtec设备读取。但是,使用Numpy读取CSV文件并创建MNE Raw对象并不困难:

import numpy as np
import mne

# Read the CSV file as a NumPy array
data = np.loadtxt('path/to/csv/file', delimiter=',')

# Some information about the channels
ch_names = ['CH 1', 'CH 2', 'CH 3']  # TODO: finish this list

# Sampling rate of the Nautilus machine
sfreq = 500  # Hz

# Create the info structure needed by MNE
info = mne.create_info(ch_names, sfreq)

# Finally, create the Raw object
raw = mne.io.RawArray(data, info)

# Plot it!
raw.plot()

答案 1 :(得分:0)

我搜索了GitHub项目EEGrunt,该项目可以从CSV文件中读取EEG数据。

根据他们的官方网站,EEGrunt& MNE全部依赖于包Numpy,因此我认为您可以尝试使用EEGrunt and read the raw data from memory using MNE`从CSV文件中读取原始数据。

希望它有所帮助。