需要帮助使用openmp并行化C ++代码

时间:2016-05-08 06:40:30

标签: c++ parallel-processing nested openmp

我在文本文件values.txt中逐行生成了16 0和16 1的所有32位排列。 例如 -

00000000000000001111111111111111
00000000000000010111111111111111
00000000000000011011111111111111
00000000000000011101111111111111

依旧......

让我们考虑一下文本文件的每一行都是一个布尔函数。 我需要在域中检查此功能的可逆性。

为此,我从文本文件中拾取第一行并将其存储到维度为32x1,矩阵a [] []的列矩阵中。

在嵌套的for循环中我基本上以3x3矩阵的形式生成域值,我需要检查函数的可逆性。 我创建了一个维度3x3的矩阵g [] [],它将存储所有no的二进制表示。从1到2 ^ 9。例如- 对于0矩阵g看起来像 -

0 0 0
0 0 0
0 0 0

为1,矩阵g为 -

0 0 0 
0 0 0
0 0 1

对于2个矩阵g将是

0 0 0
0 0 0
0 1 0

依此类推2 ^ 9。

对于上面从0到2 ^ 9生成的每个矩阵,我正在根据我的函数计算维度3x3的新矩阵u [] []。 这是通过读取矩阵的每个元素的5个相邻值来完成的。

例如 - 考虑g矩阵

0 0 0
0 1 1
1 0 0

我拾取第一个元素,即g [0] [0],使用五个相邻值(顶值,左值,元素本身,右值,低于值)计算一个新值,即g [2 ] [0],G [0] [2],G [0] [0],G [0] [1],G [1] [0]。这5个没有。合并代表二进制否。我计算它的十进制等值,十进制值对应于行号。矩阵a [] [],我必须更新u [0] [0]的值。 我将对g的每个元素重复上述过程,最终将得到一个3x3的u矩阵。

这个完整的过程是针对一个矩阵,它的矩阵对应于0。 像这样对于从0到2 ^ 9的每个g [] []矩阵,我将创建2 ^ 9个矩阵。

在任何时间点,如果对于两个矩阵g [] [],矩阵u [] []恰好相同我中止函数,读取第二行文本文件并再次开始上述过程,即I对导致重复矩阵的函数不感兴趣。如果所有2 ^ 9矩阵碰巧都不同,我将相应函数的值(文本文件中的行)写入另一个文本文件。

因此,总而言之,我需要为整体计算创建总计60亿* 2 ^ 9的矩阵。

问题是,对于文本文件中的特定函数,2 ^ 9矩阵是单独计算的。如果我能以某种方式将它们并行化,我会大大减少计算时间......

#include <algorithm>
#include <fstream>
#include <iostream>
#include <string>
#include <math.h>
using namespace std;
#include <boost/multiprecision/cpp_int.hpp>
using namespace boost::multiprecision;
#include <boost/lexical_cast.hpp>
#include <cctype>
#include <boost/assign/list_of.hpp>
#include <set>
#include <stdint.h>
#include <omp.h>
#define convertToString(x) #x
using namespace boost::assign;

int main()
{
    ifstream infile;
    infile.open("values.txt");
    ofstream outfile;
    outfile.open("haha.txt");
    short a[32][1];
    while(!infile.eof())
    {
        string STRING;
        getline(infile,STRING);
        set<string> SET;
        int count=0;


        for(int i=0;i<32;i++)
        {
                a[i][0]=STRING.at(i)-'0';
        }


        int g[9];
        int u[9];
        char buffer[10];
        buffer[9] = 0;
        uint16_t f = 0;

        int max = (int)pow(2,3);


        for(int r=0;r<max && count!=1;r++)
        {
           for(int s=0;s<max && count!=1;s++)
           {
              for(int t=0;t<max && count!=1;t++)
              {
                for(int i = 0; i < 9; ++i)
                {
                   g[i] = (f & (1 << (8 - i))) != 0;
                }
                ++f;

                u[0]=a[(g[6]*2*2*2*2)+(g[2]*2*2*2)+(g[0]*2*2)+(g[1]*2)+(g[3]*1)][0];
                u[1]=a[(g[7]*2*2*2*2)+(g[0]*2*2*2)+(g[1]*2*2)+(g[2]*2)+(g[4]*1)][0];
                u[2]=a[(g[8]*2*2*2*2)+(g[1]*2*2*2)+(g[2]*2*2)+(g[0]*2)+(g[5]*1)][0];
                u[3]=a[(g[0]*2*2*2*2)+(g[5]*2*2*2)+(g[3]*2*2)+(g[4]*2)+(g[6]*1)][0];
                u[4]=a[(g[1]*2*2*2*2)+(g[3]*2*2*2)+(g[4]*2*2)+(g[5]*2)+(g[7]*1)][0];
                u[5]=a[(g[2]*2*2*2*2)+(g[4]*2*2*2)+(g[5]*2*2)+(g[3]*2)+(g[8]*1)][0];
                u[6]=a[(g[3]*2*2*2*2)+(g[8]*2*2*2)+(g[6]*2*2)+(g[7]*2)+(g[0]*1)][0];
                u[7]=a[(g[4]*2*2*2*2)+(g[6]*2*2*2)+(g[7]*2*2)+(g[8]*2)+(g[1]*1)][0];
                u[8]=a[(g[5]*2*2*2*2)+(g[7]*2*2*2)+(g[8]*2*2)+(g[6]*2)+(g[2]*1)][0];


                for(int i = 0; i < 9; ++i)
                {
                   buffer[i] = '0' + u[i];
                }
                if(!SET.insert(::std::string(buffer)).second)
                {
                   count = 1;
                }
             }
          }
        }

        if(count==0)
        {
            outfile<<STRING<<"\n";
            cout<<STRING<<"\n";
        }


    }
        infile.close();
        outfile.close();
        return 0;
    }

1 个答案:

答案 0 :(得分:1)

当第二维只有1时,不需要使用二维数组。只需定义一个[32]并在访问数组的任何地方省略第二个索引运算符([0])(可能只会提高可读性,我希望编译器无论如何都可以优化它 - 但是你可以安全地使用它。)

你的转换函数是无效的,每次在字符串前面都会先创建一个新的字符串对象。在这样的缓冲区中执行一次:

char buffer[10];
buffer[9] = 0;
for(int i = 0; i < 9; ++i)
{
    buffer[i] = '0' + ((dec & (1 << (8 - i))) != 0);
}
return ::std::string(buffer);

是否有任何理由只能输出9位而不是全部16位?

循环中你的u数组相同......

高一级:

string binary=in.convert(f++);

for(int i=0;i<9;i++)
    g[i]=binary.at(i)-'0';

您首先转换了一个字符串,然后将其转换回数字?为什么不将数组传递给你的转换函数并直接赋值(0和1,而不是'0'和'1')?

您只在一个地方使用转换功能 - 也许您想让它内联。至少,使它成为静态,因为它不依赖于任何类成员(如果没有其他成员函数,则更具有名称空间而不是类)。

编辑:我允许简单地内联整个内容(遗漏了pragma):

int g[9];
int u[9];
char buffer[10];
buffer[9] = 0;
uint16_t f = 0;

int max = (int)pow(2,3);
for(int r=0;r<max;r++
{
    for(int s=0;s<max;s++)
    {
        for(int t=0;t<max;t++)
        {
            for(int i = 0; i < 9; ++i)
            {
                g[i] = (f & (1 << (8 - i))) != 0;
            }
            ++f;
            /* calculate the u array here */
            for(int i = 0; i < 9; ++i)
            {
                buffer[i] = '0' + (u[i] != 0);
            }
            if(!SET.insert(::std::string(buffer)).second)
            {
                count = 1;
            }
        }
    }
}

预先计算了功率,不确定编译器是否会优化它...

如果你的u和g数组使用大小与CPU寄存器大小相匹配的整数类型,你可能会获得额外的性能提升......

您没有检查数组a可以获得哪些值。可能,任何人都可能。如果您保证这些值始终只为0或1,您甚至可以将代码缩短到最低程度:

buffer[i] = '0' + u[i];

提早离开你的圈子:

#pragma omp parallel
{
    for(int r=0;r<(int)pow(2,3);r++)
    {
        for(int s=0;s<(int)pow(2,3);s++)
        {
            #pragma omp parallel for shared(SET,count,f)
            for(int t=0;t<(int)pow(2,3);t++)
            {
                /* ... */
                    count = 1;
                    goto EndOfLoop;
                /* ... */
            }
        }
    }
    :EndOfLoop;
}

"It is illegal to branch (goto) into or out of a parallel region",但不在其中,正如我读到的那样......变体将是

for(int r=0; count == 0 && r<(int)pow(2,3);r++)

对于所有三个循环,但这些额外的if成本绩效...