Question

我正在尝试使用bash来验证特定下载.bam文件的完整性。有两个部分（bash 1）运行命令来验证创建.bam文件的.txt文件，并创建process.log。该部分工作正常，我收到错误的是检查每个.txt文件中的字符串(SUCCESS)，如果找到它，那么在process.log该文件被验证，如果它找不到那个文件已损坏。目前，终端显示状态，然后给出错误。谢谢你:)。

bash第1部分

logfile=/home/cmccabe/Desktop/NGS/API/5-4-2016/process.log
for f in /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/5-4-2016/*.bam ; do
 echo "Start bam validation creation: $(date) - File: $f"
 bname=`basename $f`
 pref=${bname%%.bam}
 bam validate --in $f --verbose 2> /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/5-4-2016/bam_validation/${pref}_validation.txt
 echo "End bam validation creation: $(date) - File: $f"
done >> "$logfile"
 echo "Start verifying $(date) - File: $file"
 value=$( grep -ic "(SUCCESS)" /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/5-4-2016/bam_validation/*.txt )

bash第2部分

 if [ $value -eq 1 ]
 then
 echo "bam file is verified and complete"
 else
 echo "bam is corrupt, check log for reason"
 echo "End bam verify: $(date) - File: $f"
 fi
 done >> "$logfile"

erorr

Start verifying Thu May  5 12:49:10 CDT 2016 - File: 
/home/cmccabe/Desktop/loop.sh: line 11: [: too many arguments
bam is corrupt, check log for reason
End bam verify: Thu May  5 12:49:10 CDT 2016 - File: /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/5-4-2016/NA19240.bam
/home/cmccabe/Desktop/loop.sh: line 18: syntax error near unexpected token `done'
/home/cmccabe/Desktop/loop.sh: line 18: `done >> "$logfile"'

为检查SUCCESS而创建的文件

Number of records read = 24723078
Number of valid records = 24723078

TotalReads(e6)  24.72
MappedReads(e6) 24.57
PairedReads(e6) 0.00
ProperPair(e6)  0.00
DuplicateReads(e6)  7.33
QCFailureReads(e6)  0.00

MappingRate(%)  99.38
PairedReads(%)  0.00
ProperPair(%)   0.00
DupRate(%)  29.66
QCFailRate(%)   0.00

TotalBases(e6)  4332.46
BasesInMappedReads(e6)  4325.68
Returning: 0 (SUCCESS)

Answer 1

错误是由于最简单的原因，bash如果你使用单个括号[]来评估一个条件，它只不过是隐含的使用bash {{1}的方法。 } expression，它将test扩展为包含空格的字符串，将特殊字符作为单独的参数。在这里你留下了变量模糊，可以扩展到一些错误情况下的多个参数。

您需要做的就是将该变量括在双引号中，以便将其视为一个单独的字符串。

$value

bash验证文件类型的完整性并创建日志

1 个答案: