我有这样的矩阵(约1000个样本行)
bodytype bmi gender Clostridia Bacteroidia Bacilli Gammaproteobacteria Betaproteobacteria Actinobacteria unclassified Fusobacteria Epsilonproteobacteria Flavobacteria
overweight 21.64 boy 13256 5872 4319 1778 1680 1452 1249 690 184 13
normal 17 girl 32769 33370 7886 14798 10643 1927 9329 2564 1486 274
normal 19.55 girl 5855 2600 1423 742 1859 1158 644 271 91 63
overweight 20.85 girl 9507 6070 4701 1787 3319 472 406 897 210 33
normal 19.88 girl 443 91 66 5 17 140 9 8 1 0
obese 25.35 girl 14525 4279 9479 4933 1026 744 36 738 77 80
overweight 21.03 girl 12493 6251 9135 3937 2658 3901 1324 2119 170 249
normal 17.14 girl 1092 152 2137 390 46 1710 23 19 5 0
overweight 21.03 girl 11 4 4 4 5 1 2 1 1 0
overweight 22.27 boy 7588 1922 2665 969 1357 2490 550 437 166 9
我想用8张图片制作情节(2x4方式)。我的预期数字样本1即;第一排体重不足,正常,过度和肥胖男孩和下一排女孩。
我尝试使用下面的命令和facet_grid选项。
otu<-read.table(file="all_gg.txt", header=T,sep="\t")
dim(otu)
otu1<-otu[1:970,1:11]
head(otu1)
library(tidyr)
long<-gather(otu, "label", "abundance", Clostridia:unclassified)
ggplot(long,aes(bmi,abundance,color=label,fill=label))+ geom_area(aes(fill=label),position='fill')+facet_grid(.~body)+ facet_grid(gender~.)
我无法制作我想制作的数字。 inspired from this article