Bash循环创建索引合并文件

时间:2016-05-01 08:14:53

标签: bash shell unix

我有24对这些文件(24个文件output.chr1 to 24_.vcf.gz和24个文件Analysis.chr1 to 24_.output.vcf.gz)。我正在尝试合并这些相应的对以创建merged_file_.chr1 to 24_.vcf.gz文件。如何在bash脚本中形成这样的循环以使用以下命令?

vcf-merge output.chr1.vcf.gz Analysis.chr1.output.vcf.gz | \
  bgzip -c > ../dir_destination/merged_file_.chr1.vcf.gz

1 个答案:

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for n in {1..24}; do
  vcf-merge output.chr$n.vcf.gz Analysis.chr$n.output.vcf.gz | \
    bgzip -c > ../dir_destination/merged_file_.chr$n.vcf.gz
done