如何在Bash中创建一个循环来搜索一组.gz文件

Question

我正在开发OS X El Capitan V10.11.3。

我能够获得使用测试文件的语法，但是很难在一组.gz文件上使用它。

处理测试文件：

#!/bin/bash
while read p; do
  grep $p test2.txt>> final.txt
done <test3.txt

我正在尝试使用“test3.txt”文件中的SNP列表编写一个循环来搜索超过30个.gz文件。

#!/bin/bash
while read p; do
 grep $p zcat chunk?-chr*.imputed.info.gz >> Final.txt
done <test3.txt

test3.txt文件有1个SNP，在.gz文件中表示。当我运行上面的语法时，它会创建一个文件proxy_imputed.txt，但不会拉出SNP。

有什么想法吗？

Answer 1

我在同一个平台上，但无法使你的语法工作 - 这似乎达到了预期的结果（称之为findString.sh）：

#!/bin/bash

while read p ; do
  gzcat *.gz | grep $p >> Final.txt;
done

运行时如下：

./findString.sh < test3.txt

不确定我是否在正确的轨道上，但似乎有效。注意我必须使用gzcat来读取gzip文件，zcat正在寻找* .Z