Question

我用rjags实现了LDA模型。我成功地获得了最终样本：

jags <- jags.model('../lda_jags.bug',
               data = data,
               n.chains = 1,
               n.adapt = 100)

update(jags, 2000)

samples <- jags.samples(jags,
         c('theta', 'phi', 'z'),
         1000)

现在，我可以使用samples$theta或samples$phi来获取theta和phi的结果。但我怎么知道抽样需要多长时间？谢谢！

Answer 1

正如@ eipi10所述，您可以在update（）调用周围使用system.time（）来计算R中的进程。或者，您可以使用runjags包来打印更新模型所花费的（总）时间，包括所有以前调用extend.jags：

library('runjags')
results <- run.jags('../lda_jags.bug', monitor = c('theta', 'phi', 'z'), 
           data = data, n.chains = 1, adapt = 100, burnin = 2000, sample = 1000)
results

# or:

jags <- jags.model('../lda_jags.bug',
               data = data,
               n.chains = 1,
               n.adapt = 0)
runjags <- as.runjags(jags, monitor = c('theta', 'phi', 'z'))
results <- extend.jags(runjags, adapt = 100, burnin = 2000, sample = 1000)
results
results <- extend.jags(runjags, sample = 1000)
results

如何在rjags中获取采样时间？

1 个答案: