用rjags保存先辈

Question

我正在rjags中运行贝叶斯模型，我希望能够输出MCMC轨迹的图，我的参数的后验分布（我已经可以从coda获得） ，以及后验与先前分布的比较。

有没有办法将您在jags model部分中指定的先验保存为列表或不会强迫我复制和粘贴（然后以指数方式增加错误的可能性）的所有发行版自己的参数？

我有以下代码

cat(
'model{
    for(i in 1:n){
        P.hat[i]    ~  dnorm(pi, df/sigma2)
        SS[i]       ~  dgamma((df-1)/2, sigma2/2 )
        R[i]        ~  dbin(theta, N)   
    }
    # relations
    gam         <- m*vs+(1-m)*va
    theta       <- (pi*beta*gam)/(gam*dt+(1-gam)*du)
    # numerical values      
    df          <- 15
    # priors
    pi          ~  dnorm(0.05, 2)I(0,1) 
    sigma2      ~  dgamma(2, 0.1*df)
    beta        ~  dunif(0, 0.4)
    m           ~  dbeta(1, 4)                   
    vs          ~  dbeta(2, 9)                  
    va          ~  dbeta(2, 5)                  
    dt          ~  dnorm(0.3, 2)I(0,10)         
    du          ~  dnorm(1.25, 2)I(0,10)        
}',
file='model1.bug')

我想“保存”“先生”部分。

提前感谢您的所有答案！ EM

Answer 1

简短的回答是否定的 - JAGS（和BUGS）没有明确区分你定义为priors的内容和模型中的其他发行版，所以没有办法让JAGS为你提供有关特定子部分的信息。该模型。查看先前分布的常用方法是在R中单独绘制（或以其他方式概括）它们。

但是，有一个技巧可以与您的模型一起使用以获得您想要的东西：将循环的上部索引（n）设置为0（在数据中）。这将导致JAGS完全忽略for循环中的所有内容，有效地删除模型的似然成分，只留下先验。如果您监视pi，sigma2等，您应该看到这些参数的先验分布。由于没有可能进行计算，您还应该看到模型运行得更快！你确实需要运行两次模型（一次用于先验，一次用数据作为后验的正常）。